REST Alphasim P值

Submitted by wujingxi on Sun, 03/20/2016 - 17:48
 
REST1.8界面上有个输入p值的地方，在这之前，我做了AlphaSim校正，
 
这个p是做alphasim校正时候填写的individual p value(比如p=0.01或者0.005) ？还是最后看组分析结果时候的p value (比如p<0.05)？

Submitted by jiaxize on Sun, 03/20/2016 - 17:57

“REST1.8界面上有个输入p值的地方，在这之前，我做了AlphaSim校正”

你指的是哪个界面？ viewer吗？

viewer界面的P值位置，是individual P value。你跑完Alphasim后的P（文本文档里的）是校正后的P

Submitted by wujingxi on Sun, 03/20/2016 - 18:07

Alphasim校正后的p值在文本文档里吗？ 哪一个是？

下面是文档内的内容

 

Cl Size Frequency   Cum Prop    p/Voxel Max Freq    Alpha

1       14018       0.942703    0.009700    422     1.000000

2       767       0.994284      0.001105    495     0.578000

3       73         0.999193     0.000164    71     0.083000

4       11         0.999933    0.000030      11     0.012000

5       1          1.000000    0.000003       1     0.001000

Submitted by wujingxi on Mon, 03/21/2016 - 21:08

谢谢您的耐心回复！最后两个个问题：

1.文档最后一栏里，第一个小于0.05的P值是0.012，那么这个0.012P值有什么作用，是在报道的时候用，还是什么时候用？

2.REST viewer里面的p值，刚开始我填的是individual p值 0.05 ，那么alphasim校正完后，我是否应该将此p值修改为0.012还是继续保留0.05的值？

 

Submitted by jiaxize on Tue, 03/22/2016 - 10:14

文章里两个P值都要报，0.012就是校正后的P值是0.012.

individual p值是每个voxel的p

因为同时做了很多次统计，voxel by voxel 所以需要使用多重比较校正。

Submitted by wujingxi on Tue, 03/22/2016 - 17:45

我这样理解 看看对不对

在进行alphasim校正的时候 操作步骤如下：

Individual P = 0.005, iteration = 1000, rmm=5, mask 选择为MASK，生成*.txt文档

在文档中，寻找p <0.05的阈值，得到p=0.012，对应cluster size为4

在Viewer中，填写P = 0.005，在cluster size里面填写4 ，在Slice Viewer界面中，得到T= 2.89

在文章results中，报道如下：

(Alphasim correction, the corresponding statistical level is set at |Z| >2.89 (p<0.001 at individual voxel level) and cluster size >4 voxels (search volume = 12569 voxels)), which corresponds to a corrected p<0.05.

 

我的问题：

1. 在Viewer中，填写P = 0.005（individual p value)，还是p= 0.012还是p=0.05？

2.在英文的结果报道中，最后的p<0..05还是写p=0.012?

Submitted by jiaxize on Tue, 03/22/2016 - 20:45

|Z| >2.89    是t值

cluster size >4 voxels  这里你可以标注一下立方毫米，以及rmm。

在viewer中，p填写 0.005,。

英文结果报告中，都要写，但是你校正后的值是 P<0.05 corrected.