请教关于灰质体积计算的问题

Submitted by sufan on Sun, 03/27/2016 - 23:14

尊敬的老师您好：

        我论坛上看到有同学请教关于杏仁核体积计算的问题，看了您的解答有些细节的问题我还不是很清楚，在此向您进一步请教。

        我目前的情况是要分析一批受试者海马的volume，我是用VBM8做的结构像分析，想用ALL模板中的海马做MASK提取结构像的ROI信号作为海马体积，不知道这样的思路是否正确。

        其次，VBM分析后产生的数据有m0wrp1和m0wrp2，这个我的了解是分别对用的灰质和白质的volume，那我要提取海马的信号，是不是直接用m0wrp1的图像来做呢？还有我看VBM使用手册中提到的结构像的平滑，平滑之后产生的数据是sm0wrp1，那请问我应该使用平滑之前还是之后的数据来提取海马的信号呢？

        还有个问题，我看有的文献计算体积的时候会用海马体积除以全脑体积，但是VBM8的预处理过程中似乎已经包含了将原始图像配准到MNI模板的过程，那么我提取出来的数据是不是已经是相对的海马体积，应该不需要再除以全脑体积了吧。

        刚刚开始这方面的学习，很多概念尚不明确，期待您的解答，谢谢！

Submitted by gaolei6096 on Thu, 03/31/2016 - 08:56

用VBM计算具体脑区的体积，先不说是否相对准确、达到您的要求，操作上可以通过REST/DPARSFA/DPABI/REX Toolbox等对m0wrp1进行按照ROI（ROI可能有不同的选取标准，比如手工画的、现有的标准模板AAL、Harvard112等等）提取ROI内数值，但是这些可能都不是非常准确。另外现在SPM12里面的VBM（叫做CAT12）功能也很强悍，在持续更新发布中，可以关注那里面的一些小功能。

如果很在意精确性，非常推荐一个半自动化的手工交互软件ITK-SNAP (http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php)，这样类似的可能能够实现您的目标。不过这个小软件我只试过、没有比较多的经验，需要手工慢慢做，相对费时间一些。

Submitted by sufan on Sat, 04/02/2016 - 14:52

老师，我按照您的提示，使用ALL模板，提取了m0wrp1图像的ROI信号，比如说我用的模板是ALL模板中的左右海马。得到的是TXT文件，名字是m0wrp1_ROISignals。那么请问这个ROIsignal的数值代表的是什么呢？是体素的个数吗？

如果说我的voxel size是1.5*1.5*1.5，那么我要算每个被试海马的实际体积，是不是用这个ROIsignal的数值乘以1.5*1.5*1.5立方毫米呢？

我自己的一点理解，不知道对不对，请老师指导，谢谢！

Submitted by gaolei6096 on Wed, 04/06/2016 - 01:03

我觉得您的理解可能对的，可能是体素数吧，这时候用体素数乘以单位体积就可以得到。不过不同的软件提取的算法可能略微有出入，您可以采取一些办法验证一下。