如何进行临床指标与 ROI 的 ALFF time course 之间的相关性分析？

Submitted by lynnrain on Thu, 04/15/2010 - 22:06

通过患者组和正常受试者组的双样本 T 检验，找到了一些患者 ALFF 出现明显异常的区域。现在我想做这个明显异常区域中的 ALFF time course 与临床指标之间的相关性分析，我的做法如下：

  • 利用 add recursively all subfolders 加入了每一名患者的 detrended_filtered 静息态图像
  • 使用 user defined mask file 添加进一个我利用 rest slice viewer 保存的 ROI 图像。

输出的文件是每个被试一个 mat 文件，里面有 200 个 time course 文件（应该是对应的 200 个时间点的图像）。

我的问题：

  1. 我的临床指标是每个患者一个数值，而现在提取的 time course 是每个患者 200 个数值，如何进行相互之间的相关性统计分析？将数值输入 SPSS 似乎是不行的，因为需要一个患者一个临床指标数值，对应一个代表脑区活动性的数值才对啊？
  2. 对于我的十几个 ROI，能否在 DPARSF 里面一并提取出 ROI 的数值呢？ 由于数据已经经过 DPARSF 的处理，应该如何调整文件夹内容、或者设置 DPARSF 来直接实现批量提取 ROI time courses 的功能呢？

Submitted by lynnrain on Thu, 04/15/2010 - 23:49

问题 2 已经解决，我将 DPARSF 的 time points 一栏改为 200（原始数据有 210 个时间点），再去掉了 extract ROI time courses 之前的所有勾选，顺利的用 DPARSF 完成了图像的批处理。
但是，我注意到提取 time courses 的时候，DPARSF调用的是去除了协变量的图像文件（COV removed），那么是不是这个提取出来的 time courses 主要是用来作功能连接，而非与临床指标的相关性的呢？
问题 1 还请各位多指教。 

Submitted by YAN Chao-Gan on Fri, 04/16/2010 - 13:26

Hi!
         你不需要提detrend filter里面的文件。
          你需要把一组ALFF结果图整理好，放在一个文件夹下，然后用把疾病得分定义为Seed time course的方式来做相关。这样会得到一个相关脑。
          当然，你也可以把你感兴趣区ROI里面的所有ALFF值做为一个Course提取出来，用REST->Utilities->Extract ROI Time Couses来提取。然后用SPSS来做更进一步的统计和图表。
  

Submitted by yanzhou on Sun, 05/30/2010 - 20:30

  

    还有一个问题,这里说的ALFF的结果是mALFF图还是mALFF-1的图呢

Submitted by YAN Chao-Gan on Mon, 05/31/2010 - 09:45

在REST时面提取时间序列。
另外，新版的REST在Statistical Analysis里面新增了Correlation Analysis模块，更易用一些，输出带自由度的统计图。
用mALFF图。

Submitted by yanzhou on Mon, 05/31/2010 - 16:05

     严老师：

        我安装了最新的REST，点开statistical Analysis---REST Correlation Analysis,在Add group images 里选中存放mALFF 结果的目录，临床评分的txt文档应选在Add other covariates 里面吗？Mask file选deparsf 里那个brain mask，不知道这样选对不对？我没有提取ROI ,就做全脑相关。

Submitted by YAN Chao-Gan on Mon, 05/31/2010 - 16:37

请去http://www.restfmri.net/forum/Course下载中文版第二部分仔细听一下。
临床评分的txt文档应选在Add Seed Series里面。
如果没有Covariate或者不理解什么是Covariate，右侧两个covariate框不要理它，留空就行。
Mask可以选brain mask。

Submitted by echoqiu77 on Sat, 01/26/2013 - 10:30

 你好 你的回答很清晰 可是我对这两个方式都有不了解的地方：
1.“把疾病得分定义为Seed time course的方式来做相关。”这种方式是如何做，可否详细指点一下。
2. “用REST->Utilities->Extract ROI Time Couses来提取。 ”打开REST后还是不知道具体如何做 比如打开Extract ROI Series以后那个Data Directory里面是选什么？ Define ROI点进去以后，再点Add ROI吗？ 然后最简单的是不是就选第一个Spherical ROI? 那个框框里是输入什么呢？Time  courses那个框需不需要填呢？

 

Submitted by YAN Chao-Gan on Wed, 01/30/2013 - 01:46

你好！

现在在情况下，用另一个模块可能会更清晰一些。

REST->Statiatical Analysis-> Correlation analysis