用ICA方法，双样本t检验总是过不了，是不是过程出错了

Submitted by kang on Thu, 06/02/2016 - 22:10

用ICA方法处理了一批70个数据没有结果，但之前做过功能连接有结果的，没做过ICA，不知道是不是步骤错了，特来问问各位老师们。

1.用gift软件MDL分析只有10个成分，觉得成分太少了就自己定义了20个成分。

2.运行完之后，用gift软件自带spm对挑选的成分做病人和正常人单样本t检验。在slice Viewer过FDR校正（0.05），save clusters.然后通过image calculator（i1~=0+i2~=0）做并集mask。

3.在并集mask下，然后提取病人和正常人的成分（gift运行后文件名_sub016_component_ica_s1_.nii，直接复制放在不同的文件夹下）做双样本t检验。发现过不了AlphaSim校正,fDR校正，单个voxel几乎都过不了0.05的校正。

这就是我的步骤，不知道哪里出错了，成分选少了吗，还是提取成分不能复制粘贴，是其他方法提取吗？还是其他的步骤出错了吗？

Submitted by gaolei6096 on Mon, 06/06/2016 - 10:31

在“2.运行完之后，用gift软件自带spm对挑选的成分做病人和正常人单样本t检验。在slice Viewer过FDR校正（0.05），save clusters.然后通过image calculator（i1~=0+i2~=0）做并集mask。”

实际上GIFT耦联的SPM统计模块，做完单样本t检验之后，就可以紧接着对该成分做双样本t或配对t，为什么还要单独取出来做呢？另外，单样本t检验FDR0.05校正之后的成分mask有多大呢？

关于“3.在并集mask下，然后提取病人和正常人的成分（gift运行后文件名_sub016_component_ica_s1_.nii，直接复制放在不同的文件夹下）做双样本t检验。发现过不了AlphaSim校正,fDR校正，单个voxel几乎都过不了0.05的校正。”

同上，实际上可以直接用GIFT做完两样本t检验，然后选择两样本t检验下的spmT参数做校正。

Submitted by kang on Wed, 06/08/2016 - 16:20

 我是看了一些做ICA方法的文献，很多是采用做并集的方法，那样容易过校正。
1.单样本t检验FDR0.05校正之后的成分mask有多大呢？
  以一成分为例，病人过校正后有8000多voxel，其中一个cluster有7000多voxel，其它的cluster中voxel数目不多。
2.同一批数据用gift软件自动估计只有10个成分，而用Mica估计有25个成分。两个都是采用MDL法则吗？不是一样的吗?
2.GIFT耦联的SPM统计模块，做单样本t检验要对病人和正常人分开做吗？还是在同一个group下对所有人都做单样本t？这个单样本t对后面的双样本有影响吗？

Submitted by gaolei6096 on Fri, 06/24/2016 - 05:01

1.单样本t检验FDR0.05校正之后的成分mask有多大呢？
  以一成分为例，病人过校正后有8000多voxel，其中一个cluster有7000多voxel，其它的cluster中voxel数目不多。

放在一起计算吧。
2.同一批数据用gift软件自动估计只有10个成分，而用Mica估计有25个成分。两个都是采用MDL法则吗？不是一样的吗?

这个我不太清楚，您可以咨询一下张寒老师，他是MICA的开发者。
2.GIFT耦联的SPM统计模块，做单样本t检验要对病人和正常人分开做吗？还是在同一个group下对所有人都做单样本t？这个单样本t对后面的双样本有影响吗？

做单样本可以一起做，单样本的主要目的是为随后两样本分析提供一个成分的mask，因此或多或少都有影响吧，至少是结果地形图分布上的差异。具体的还是非常建议参考新一些的文献，现在更新太快了。