使用dparsf for monkey 版本处理猴子的脑数据，如何进行reorient

Submitted by qizhi on Sat, 07/23/2016 - 22:10

老师，您好！

我目前正在使用dparsf 4.0 for monkey data 版本处理静息态猴子脑数据，采用的参数设置如下（事先已经去除了前6个时间点）：

图1 参数设置

 

已经顺利完成了slice timing和realignment，到了reorient 那一步就不太清楚如何设置参数进行，用spm8里面的display显示了一下功能像如下，正确的应该是左上图是冠状位（coronal），左下是轴状位(axial)，右上是矢状位(sagittal)，可是我的功能像却是左上是轴状位，左下是冠状，右上虽是矢状位，且角度不对，请问老师应该如何进行reorient呢？另外，dpabi使用的是112RM-SL猴子模板，如何与之进行对其呢？ 我之前是使用的spm8和fsl对猴子进行处理，可是结果很不理想，主要就是少了reorient这一步，我在使用spm8的时候分割所需要的先验模板以及标准化的标准模板也是使用的112RM-SL。请老师帮忙看看该怎么解决呢？谢谢！此外，数据处理完，我是打算计算猴子的DMN的，请问老师，我是应该是使用功能连接比较好做还是使用gift软件呢？

图2 Display功能像

 

 

 

                                                                                                                                                           学生，郭承珍

Submitted by gaolei6096 on Sun, 07/24/2016 - 07:12

我没有做过猴子，不知道其他老师是否有建议，那我来试试：

1.这里试着调试display界面yaw，roll和pitch参数，调整到图3中的配置；

2.使用模板这里不太清楚，pipeline里已经有了参数，可以根据自己的需要改动相应的模板；

3.关于DMN，seed-ROI-based correlation及spatial ICA都可以很好的做出网络地形图，不过上面的预处理可能是一个前提。

 

Submitted by qizhi on Sun, 07/24/2016 - 11:04

是的，我是打算调整roll等参数，可是实在是不知道大概如何设置这些参数，参数的选择完全是凭感觉自己调整的，还是有个大概范围。是依据什么来进行调整啊？是个新手，麻烦老师仔细指导一下吧。另外，猴子的DMN选择又是如何进行的呢，经过gift工具估出14个ICs,怎么之中哪些是DMN成分呢?貌似 gift工具自带的DMN模板是人脑的