關於REST viewer的CI report 結果的報告

Submitted by joe26272001 on Fri, 09/02/2016 - 23:04

各位使用者大家好，

想請問若我使用rest來檢視我做完統計分析的結果，

設定p value和cluster size後按下CI report 會跑出許多clusters，

但是這些clusters很多都會涵蓋到重複的區域，

想請問一般paper在報告的時候，會報告顯著活化位置的voxels數及區域名稱，

想請問若我想報告一個位置(ex: Inferior frontal gyrus)，但多個clusters都有涵蓋到此處，是否直接以所涵蓋該區域之voxels數最多者來報告？

 

ex:

Cluster1 voxels:  1002

300 Inferior frontal gyrus

251 Superior frontal gyrus

Cluster2 voxels:  2405

452 Inferior frontal gyrus

100 Medial frontal gyrus

這樣的情況下若要報告Inferior frontal gyrus的結果，是否直接以clusters2的452個voxels來說明Inferior frontal gyrus的情形？而統計的顯著值(ex:t value)也是使用cluster2的結果嗎？

感謝

Submitted by joe26272001 on Mon, 09/12/2016 - 20:39

感謝老師的回答。

想請問，一般paper在報告的時候常在Table只報告Region Name, Voxel size, peak MNI coordinates等，

想請問如果想要把REST的結果也按照這樣的型式報告，有什麼樣的建議嗎？

(例：在提問中提到要報告Inferior frontal gyrus)

我的想法是在內文中用extending十分合理，但若用在table上就有點累贅之感

再次感謝老師的回覆！

Submitted by gaolei6096 on Mon, 09/19/2016 - 04:24

Dear Joe,

Please see the below message that comes from the developer of Xjview:

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If you ask me what is the anatomy of a given brain region, likely I have no idea. I am terrible in memorizing those names. But fortunately xjView can help.

Click any voxel in the section view, the anatomical description will be shown in the box below the glass/section view.

Each description contains 6 names separated by //. The first 5 are talairach daemon names, and the last one AAL. Your image needs to be normalized to standard MNI space to use this feature properly.

How about the anatomy of a cluster (with many voxels)?

You can click the cluster, then click "Pick cluster/Info". Then in the information area on the left, you will see xjview has done statistics on the voxels. It shows you how many voxels are in each anatomical name (example below). This information will guide you to select the most appropriate name to report in your paper.

http://www.biz-genius.net/send/uploads/1434405923.jpg

Xu

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Xu Cui
Stanford University
Blog: http://www.AliveLearn.net
LinkedIn: https://www.linkedin.com/in/cuixu
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REST report利用的就是Xjview的功能。

下面是我個人在技術操作上的建議：

（1）重新考慮統計校正方式

一般來說，如果會有很多clusters出來，並且單個cluster很大（如上面報道的1000+多體素），不妨考慮一下重新設置p值和矯正方法（例如FWE校正），使其更嚴格一些，這樣的好處一是可以降低假陽性，二是嚴格的統計閾值可以降低cluster的spatial extent空間範圍，使得更具有空間特異性，更好“挑選和匯報”結果。

（2）是否需要考慮include as global effect？

另外，可能還需要考慮一下，這麼多、這麼顯著的結果，是否是global effect呢？是否需要納入global effect？

（3）其它報道結果table的方式

a. Toolboxes系列：SPM8/12原生態的results界面；bspmview http://www.bobspunt.com/bspmview/；peak-nii http://www.nitrc.org/projects/peak_nii 這幾個都將可以直接給出detailed table.

b. 圖像計算&數值提取：僅從上面的問題，一個cluster包含了很多區域，如果一定要分離開這些腦區，可以使用一些現成模板atlas去卡，比如AAL/neuromorphometrics/Gordon/Dosenbach等等，這樣就可以獲得每個sub腦區包含多少significant voxels.