关于两种状态下的行为指标与ALFF/ReHo的相关分析 & xjview报道脑区

Submitted by ClassicBear on Wed, 08/24/2016 - 11:21

老师好，

   我做了一组被试（15人）在两种状态下（静息态和刺激态）的fMRI扫描，用paired t test做出两种状态的ALFF/ReHo差异脑区，然后提取差异脑区的ALFF/ReHo值，另外还测出每个被试分别在两种状态下的一个量表指标值（不算量表指标，是一个较客观的测试指标）。请问：

    （1）如果我要做这个指标值与差异脑区的ALFF/ReHo的相关性分析，以下三种方法哪种比较恰当：①只作刺激态下的指标值与刺激态下的ALFF/ReHo的相关分析；②分别作两种状态的指标值与ALFF/ReHo的相关分析，再进行对比；③把静息态和刺激态的数据串行放在一起（当作30人），再作指标值与ALFF/ReHo的相关分析？

    （2）我尝试只用了刺激态的指标值与刺激态的ReHo做全脑的相关分析，对R图卡0.7的阈值，cluster size 大于100，得出了这样的结果（如下图），这个结果属于相关效果比较明显吗？

    （3）做量表指标值与ALFF/ReHo的相关分析,一般直接做与全脑的相关分析还是差异脑区内的相关分析？

    （4）另外，在用xjview识别报道脑区的时候，会给出peak点的脑区信息，我经常会发现xjview给出的peak点所在的脑区信息（BA，AAL）与我利用BA AAL模板查看的不一样，请问哪个结果比较准确？

跪求老师的指导，谢谢！Orz

 

Submitted by ZangYF on Sat, 08/27/2016 - 06:17

(1) 一定不能合并做（n=30）。我建议两处状态都做。一般不需要比较两种状态r值的差异。但如果一定要比较两种状态的r值的差异，也有一些方法，比如permutation t-test，或者将r转为z分之后直接相减，按标准z分布处理。

(2) r=0.7这个阈值已经是相当严格了。

(3) 你这种情况，我认为既可以在全脑做，也可以只在有差异的脑区做：有相关的脑区，未必一定在两处状态下有差异；而有差异的脑区，未必一定相关。

(4) 这个问题有点复杂，不知道有多大出入。我在这方面没什么经验。

Submitted by YYNL on Tue, 04/04/2017 - 21:18

您好，我最近在做三组被试的ALFF分析。我先做了ANOVA分析，找到了一些有显著性差异的脑区（ROI），接下来，我想计算ROI中的ALFF值，并在三组被试间进行两两比较的双样本T检验，比较它们之间的ALFF值，可是我不知道怎么提取ALFF值？我只能看到结果中的显著性值（t 值），但不知道怎么找ALFF值，请问怎么找到ALFF值啊？请求指点!!!

Submitted by YYNL on Tue, 04/04/2017 - 21:23

您好，我最近在做三组被试的ALFF分析。我先做了ANOVA分析，找到了一些有显著性差异的脑区（ROI），接下来，我想计算ROI中的ALFF值，并在三组被试间进行两两比较的双样本T检验，比较它们之间的ALFF值，可是我不知道怎么提取ALFF值？我只能看到结果中的显著性值（t 值），但不知道怎么找ALFF值，请问怎么找到ALFF值啊？请求指点!!!

Submitted by gaolei6096 on Tue, 04/04/2017 - 22:39

大致可以分为三步：

1.保存ANOVA分析差异结果中每一个显著团块为一个单独的ROI，保存所有的团块/ROIs，使用save current cluster功能；

2.准备要提取ALFF值的数据对象，即用于统计分析的原始G1~G3的ALFF（zALFF），可以放在一个文件夹（要注意前缀命名容易识别）、或者三个单独的文件夹也行；

3.使用REST utility里面的extract ROI signals功能，将（2）中的数据文件夹放入数据框，将（1）中的ROIs定义为ROI就可以提取信号了~

Submitted by YYNL on Wed, 04/05/2017 - 14:06

老师，您好！我照着上述您的方法做，得到了如AD_mALFF_ResultCorr.txt，AD_mALFF_ResultCorr.mat，AD_mALFF_ROISignals.mat，AD_mALFF_ROISignals.txt文件，请问这些文件的含义分别是什么？我想最终做出类似下图（条形图）的结果，可是AD_mALFF_ROISignals.txt里有47个被试，就有47个数，是不是要对AD_mALFF_ROISignals.txt里的数值做加权平均，这个均值作为AD组被试的ALFF值，aMCI、NC类似处理？