关于fALFF的计算分析

Submitted by YYNL on Thu, 04/06/2017 - 15:02

老师，您好！我最近在做分频段的ALFF和fALFF分析，在计算fALFF时，我对一些参数的设置不确定。

比如我想做0.01-0.027频段的fALFF分析，我在Input Parameters里输入的是不是经过0.01-0.027Hz滤波后的文件（像做ALFF一样）？还是做完去线性漂移（detrend）后的文件？

注：Option:Ideal Band Pass Filter 这一栏之所以没设，是因为我已经做完了0.01—0.027 Hz的滤波。

还有Band Hint 这一栏是不是也要设置为0.01—0.027（如下图）？其他参数设置有什么要注意的吗？

Submitted by gaolei6096 on Fri, 04/07/2017 - 16:46

这个问题我倒是没有太注意。不过最方便的还是在DPARSFA里面做更好一些，直接在ALFF计算旁边的那个filter选项选择相应的亚频段就可以，注意之前不要进行滤波~

Submitted by YYNL on Sat, 04/08/2017 - 09:11

老师，您好！我用gretna做了预处理，做到平滑后的这一步，生成的被试文件有前缀swran，比如AD组：swran30001,swran30002,swran3003...，我把它们每个被试放在一个文件夹里，命名：30001,30002,30003...，再把AD组的这些被试的文件夹放在一个文件夹里并命名：FunImgNormalizedSmoothed，现在我想用dparsf计算fALFF，可是在Working Directory 那步就读不进去，Participants那里啥都没有，会出现如下图：

（1）应该怎么处理？还是gretna做预处理的平滑后的文件不能用dparsf做后续处理，还是我文件名的命名格式有错？

（2）我想计算0.01-0.027 Hz的fALFF，Detrend后面的Filter还要不要设置，如果设置，设置啥？（如下图）

（3）如果我再勾选Extract ROI time courses，产生的结果是啥？

不好意思老师，问题有点多，麻烦您了！

Submitted by gaolei6096 on Sun, 04/09/2017 - 01:02

（1）应该怎么处理？还是gretna做预处理的平滑后的文件不能用dparsf做后续处理，还是我文件名的命名格式有错？
re：用dparsfa来做剩下的处理，basic edition不太灵活、这种情况下不容易导入数据；例如将ad001.nii的4d文件放在单独的文件夹，每一个都如此，最后给这些文件夹套上一个总文件夹，那个总文件夹就可以作为dparsfa数据的输入入口（右下角框内）；
（2）我想计算0.01-0.027 Hz的fALFF，Detrend后面的Filter还要不要设置，如果设置，设置啥？（如下图）
re：dparsfa版本在detrend后面有filter选项，这里选择相应频段就可以；
（3）如果我再勾选Extract ROI time courses，产生的结果是啥？
re：这里是抽取ROI内的时间序列及相关系数矩阵（取决于ROI如何选取）。

Submitted by YYNL on Mon, 04/10/2017 - 10:24

谢谢老师的详细解答！

可是我按照您说的做，每个被试的4d文件放在一个单独的文件夹，最后给这些文件夹套上一个总文件夹，在Working Directory那读入，可Participants窗口仍啥也没有，如下图所示:

（1）不知道为什么还读不进去？（我用的matab是2010a版本的，而且没有报错）

（2）另：“那个总文件夹就可以作为dparsfa数据的输入入口（右下角框内）”，右下角框是Starting Directory Name 吗？它一直显示FunRaw，没有变，需要我手动改吗？

（3）不知道Other covariates后的滤波Filter与ALFF+fALFF之后的滤波有啥区别？两者不能同时勾选，是不是一个在计算ALFF,fALFF之前滤波,一个在计算之后滤波？

那我要计算0.01—0.027 Hz的fALFF，是不是要勾选detrend后面的滤波选项?（如下图）

（4）我理解的fALFF是要计算的频段的能量除以全频段的能量，可是这里全频段的能量体现在哪啊？

 

Submitted by gaolei6096 on Thu, 04/13/2017 - 08:37

（1）这个ARWSD文件夹之上还要套一个总文件夹，作为working directory才能导入；

（2）需要手动改，比如复制上面文件夹名、粘贴替换默认的funraw，回车就可以；

（3）对的，选择之后那个；

（4）这个你不用担心，会自动计算的。

另外有一个突出的问题，如果用其它软件做的预处理，回归协变量那一步一定要充分，因为再返回到dparsfa里面做就变得复杂、容易出错了。