Submitted by runningboy on Fri, 09/29/2017 - 16:16
尊敬的严老师:
您好!最近处理一批fmri的数据,每个被试的TR不一致,有2、2.1、2.3等等,在进行到slice timing这一步时如果上一个被试与下一个被试TR不一致程序就会自动停止。我按照之前授课视频将TR设置为0自动检测TR的做法,但是matlab总是报错。希望老师能给予解答,谢谢老师。(DPARSF 4.3 basis,spm8,matlab2010b)
Submitted by gaolei6096 on Mon, 10/02/2017 - 01:36 Permalink
Re: slice timing处理数据时TR不一致怎么批处理
适应不同的TR应该是有解决方案,但是我记得好像当前DPARSFA还是需要手动去分开做这一步,然后再合起来做接下来的步骤。将TR设为0是为了提取每一个被试的TR值,但是不代表能按照这个特定值逐被试自动去做(NII图像可能提取不到具体TR)。
Submitted by runningboy on Sat, 10/14/2017 - 16:12 Permalink
Re: slice timing处理数据时TR不一致怎么批处理
老师,您好!上次出现的TR不一致的问题我们专门询问了扫描技师,技师确定的告诉我们机器上采集数据时设置的TR是2000ms。但是我们在做slice timing这一步时程序跑不下去老是在提醒Your TR is 2.1(或者2.2,2.3等等)。
Submitted by gaolei6096 on Sun, 10/15/2017 - 21:33 Permalink
Re: slice timing处理数据时TR不一致怎么批处理
那很可能是你的slice number填错了,核对这个信息,再试试看。
Submitted by lizhe8785 on Sun, 07/01/2018 - 09:59 Permalink
Re: slice timing处理数据时TR不一致怎么批处理
我也遇到这个问题,明明磁共振上设置的TR是2000ms,预处理报TR是2.1。请问您搞清楚为什么会这样子吗?是不是要把不同TR的病人分开预处理?
Submitted by lizhe8785 on Sun, 07/01/2018 - 10:00 Permalink
Re: slice timing处理数据时TR不一致怎么批处理
我也遇到这个问题,明明磁共振上设置的TR是2000ms,预处理报TR是2.1。请问您搞清楚为什么会这样子吗?是不是要把不同TR的病人分开预处理?
Submitted by lizhe8785 on Sun, 07/01/2018 - 10:00 Permalink
Re: slice timing处理数据时TR不一致怎么批处理
我也遇到这个问题,明明磁共振上设置的TR是2000ms,预处理报TR是2.1。请问您搞清楚为什么会这样子吗?是不是要把不同TR的病人分开预处理?
Submitted by fanjiachen on Tue, 07/09/2019 - 14:08 Permalink
Re: slice timing处理数据时TR不一致怎么批处理
学生向各位老师请教个问题:使用软件为dpabi(DPARSF4.4基础版)和Matlab2015b。想要处理静息态数据,但是无法将数据成功加入dparsf中的participants中。(注:本人使用飞利浦3.0磁共振扫描,所产生的数据虽然是dicom数据,但是无后缀,本想使用dpabi自带的dicom sorter,但是分类后数据有问题,因此最后选择使用spm8自带的dicom import来进行数据格式转换,每个患者一次静息态扫描一共是240个时间点,转出后有240对(.hdr/.img)文件,因为dparsf网上说可以读取(.hdr/.img格式的nifti)所以准备试试看能否成功读取,但是发现无法将数据加入dparsf中,其中participants一直是空的。) 本人网上找过以下方法,试过后都没成功: 1.是否为所建文件夹问题,本人工作目录为/home/fanjiachen/Dsektop/rest,按了回车,我把三个受试(分别命名为Subject001、Subject002、Subject003)放在FunImg中,最后还是没能成功; 2.所保存路径中无空格、中文等。