Questions With This Site

Submitted by admin on Wed, 12/03/2008 - 21:43
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  • Please feel free to explore this researching site. I hope it be a start point of your resting-state fMRI research interest.

One advice is reading “How To Ask Questions The Smart Way”. And another advice may seem on the contrary: never hesitate to question yourself and then question in resting-state fMRI forum.

Submitted by gaolei6096 on Tue, 03/07/2017 - 20:26

REST需要结合使用matlab2014b以下的版本使用。

任务态预处理应该是可以直接运行，随后建模可以使用手动设计batch。

Submitted by MaRongjin on Mon, 03/20/2017 - 10:33

老师：您好。将之前的MATLAB版本换成14a后，可以对7Demonstrational Data for Resting-State fMRI中的数据处理，但运行到Normalize这一步时，出现如下的错误。这个该如何解决？请老师指正。
但是工作路径中会有生成的FunImgNormalized文件夹，且里面的.nii数据都是wra-开头，是否表面已经完成Normalize？
接着重新处理，没有删除上次处理到Normalize的数据，将Slice Timing、realign及Normalize等均不选，直接做smooth、detrend和Filter等，能正常运行。那么得到的结果可靠吗？请老师解答。
Moving Normalized Files:Sub_001 OKMoving Normalized Files:Sub_002 OKMoving Normalized Files:Sub_003 OK错误使用 copyfile
未找到匹配的文件。
 
出错 DPARSF_run (line 551)
    copyfile('*.ps',['..',filesep,'RealignParameter',filesep]);
 
出错 DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 935)
    [Error]=DPARSF_run(handles.Cfg);
 
出错 gui_mainfcn (line 95)
        feval(varargin{:});
 
出错 DPARSF (line 39)
    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
 
Error while evaluating uicontrol Callback

Submitted by kathyhan on Wed, 05/10/2017 - 22:25

老师好，刚开始学习dpabi，对1例受试的数据用dparsfa进行预处理时遇到如下问题，想请教一下原因和解决办法，谢谢。

 
Moving Coviables Removed Files:subject202 OK
 
Ideal rectangular filter: "D:\fMRI-data\FC\control179\a\FunImgARC\subject202"
Reading images from "D:\fMRI-data\FC\control179\a\FunImgARC\subject202\CovRegressed_4DVolume.nii" etc.
 
Band Pass Filter working. Wait.............
Saving filtered images. Wait...
Band pass filter finished.
Elapsed time is 6.318863 seconds.
Moving Filtered Files:subject202 OK
 
Error using DPARSFA_run>(parfor body) (line 2805)
Index exceeds matrix dimensions.
 
Error in DPARSFA_run (line 2707)
    parfor i=1:AutoDataProcessParameter.SubjectNum
 
Error in DPARSFA>pushbuttonRun_Callback (line 1786)
    [Error]=DPARSFA_run(handles.Cfg);
 
Error in gui_mainfcn (line 96)
        feval(varargin{:});
 
Error in DPARSFA (line 30)
    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
 
Caused by:
    Index exceeds matrix dimensions.
 
Error while evaluating uicontrol Callback
 
 
Moving Coviables Removed Files:subject202 OK
 
 
Ideal rectangular filter: "D:\fMRI-data\FC\control179\a\FunImgARC\subject202"
Reading images from "D:\fMRI-data\FC\control179\a\FunImgARC\subject202\CovRegressed_4DVolume.nii" etc.
 
Band Pass Filter working. Wait.............
Saving filtered images. Wait...
Band pass filter finished.
Elapsed time is 6.318863 seconds.
Moving Filtered Files:subject202 OK
 
Error using DPARSFA_run>(parfor body) (line 2805)
Index exceeds matrix dimensions.
 
Error in DPARSFA_run (line 2707)
    parfor i=1:AutoDataProcessParameter.SubjectNum
 
Error in DPARSFA>pushbuttonRun_Callback (line 1786)
    [Error]=DPARSFA_run(handles.Cfg);
 
Error in gui_mainfcn (line 96)
        feval(varargin{:});
 
Error in DPARSFA (line 30)
    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
 
Caused by:
    Index exceeds matrix dimensions.
 
Error while evaluating uicontrol Callback
 
>> 

Submitted by 清舞sunny on Tue, 10/17/2017 - 10:53

 1、 Viewer在显示我用spm分割出的灰质（c1）时，图像的尺度不对，好像旋转了一个角度，变成横着的了。有个warning信息：This NifTi image includes an rotation transformation.You should reslice this data before attempting to underlay the image.

2、Viewer正确显示了去除颅骨的图像（GM,WM,CSF），当加上一个AAL模板时，AAL模板明显向右上角偏移，这个怎么解决

Submitted by wanghui on Wed, 11/15/2017 - 22:42

警告: 文件:DPARSFA_run.m 行:709 列:66
临时变量 SliceOrder 将在 parfor 循环的每个迭代开始时被清除。
循环开始前赋给它的任何值都将丢失。如果在 parfor 循环中为它赋值之前使用 SliceOrder，将发生运行时错误。
请参阅 MATLAB 中的并行循环，“临时变量”。 
> In DPARSF_run (line 113)
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
  In gui_mainfcn (line 95)
  In DPARSF (line 52) 
警告: 文件:DPARSFA_run.m 行:964 列:83
临时变量 RefFile 将在 parfor 循环的每个迭代开始时被清除。
循环开始前赋给它的任何值都将丢失。如果在 parfor 循环中为它赋值之前使用 RefFile，将发生运行时错误。
请参阅 MATLAB 中的并行循环，“临时变量”。 
> In DPARSF_run (line 113)
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
  In gui_mainfcn (line 95)
  In DPARSF (line 52) 
警告: 文件:DPARSFA_run.m 行:2712 列:24
临时变量 DirImg 将在 parfor 循环的每个迭代开始时被清除。
循环开始前赋给它的任何值都将丢失。如果在 parfor 循环中为它赋值之前使用 DirImg，将发生运行时错误。
请参阅 MATLAB 中的并行循环，“临时变量”。 
> In DPARSF_run (line 113)
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
  In gui_mainfcn (line 95)
  In DPARSF (line 52) 
警告: 文件:DPARSFA_run.m 行:4420 列:32
临时变量 DirImg 将在 parfor 循环的每个迭代开始时被清除。
循环开始前赋给它的任何值都将丢失。如果在 parfor 循环中为它赋值之前使用 DirImg，将发生运行时错误。
请参阅 MATLAB 中的并行循环，“临时变量”。 
> In DPARSF_run (line 113)
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
  In gui_mainfcn (line 95)
  In DPARSF (line 52) 
 
 
 
警告: 目录已存在。 
> In DPARSFA_run (line 799)
  In DPARSF_run (line 113)
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
  In gui_mainfcn (line 95)
  In DPARSF (line 52) 
 
索引超出矩阵维度。
 
出错 DPARSFA_run (line 1106)
    if
    7==exist([AutoDataProcessParameter.DataProcessDir,filesep,'RealignParameter',filesep,AutoDataProcessParameter.SubjectID{1}],'dir')
 
出错 DPARSF_run (line 113)
[Error] = DPARSFA_run(Cfg);
 
出错 DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
    [Error]=DPARSF_run(handles.Cfg);
 
出错 gui_mainfcn (line 95)
        feval(varargin{:});
 
出错 DPARSF (line 52)
    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
 
计算 UIControl Callback 时出错

Submitted by wanghui on Wed, 11/15/2017 - 22:42

警告: 文件:DPARSFA_run.m 行:709 列:66
临时变量 SliceOrder 将在 parfor 循环的每个迭代开始时被清除。
循环开始前赋给它的任何值都将丢失。如果在 parfor 循环中为它赋值之前使用 SliceOrder，将发生运行时错误。
请参阅 MATLAB 中的并行循环，“临时变量”。 
> In DPARSF_run (line 113)
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
  In gui_mainfcn (line 95)
  In DPARSF (line 52) 
警告: 文件:DPARSFA_run.m 行:964 列:83
临时变量 RefFile 将在 parfor 循环的每个迭代开始时被清除。
循环开始前赋给它的任何值都将丢失。如果在 parfor 循环中为它赋值之前使用 RefFile，将发生运行时错误。
请参阅 MATLAB 中的并行循环，“临时变量”。 
> In DPARSF_run (line 113)
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
  In gui_mainfcn (line 95)
  In DPARSF (line 52) 
警告: 文件:DPARSFA_run.m 行:2712 列:24
临时变量 DirImg 将在 parfor 循环的每个迭代开始时被清除。
循环开始前赋给它的任何值都将丢失。如果在 parfor 循环中为它赋值之前使用 DirImg，将发生运行时错误。
请参阅 MATLAB 中的并行循环，“临时变量”。 
> In DPARSF_run (line 113)
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
  In gui_mainfcn (line 95)
  In DPARSF (line 52) 
警告: 文件:DPARSFA_run.m 行:4420 列:32
临时变量 DirImg 将在 parfor 循环的每个迭代开始时被清除。
循环开始前赋给它的任何值都将丢失。如果在 parfor 循环中为它赋值之前使用 DirImg，将发生运行时错误。
请参阅 MATLAB 中的并行循环，“临时变量”。 
> In DPARSF_run (line 113)
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
  In gui_mainfcn (line 95)
  In DPARSF (line 52) 
 
 
 
警告: 目录已存在。 
> In DPARSFA_run (line 799)
  In DPARSF_run (line 113)
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
  In gui_mainfcn (line 95)
  In DPARSF (line 52) 
 
索引超出矩阵维度。
 
出错 DPARSFA_run (line 1106)
    if
    7==exist([AutoDataProcessParameter.DataProcessDir,filesep,'RealignParameter',filesep,AutoDataProcessParameter.SubjectID{1}],'dir')
 
出错 DPARSF_run (line 113)
[Error] = DPARSFA_run(Cfg);
 
出错 DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 1154)
    [Error]=DPARSF_run(handles.Cfg);
 
出错 gui_mainfcn (line 95)
        feval(varargin{:});
 
出错 DPARSF (line 52)
    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
 
计算 UIControl Callback 时出错

Submitted by qiaopenggang on Mon, 12/18/2017 - 17:06

请教各位专家：

用DPARSFA处理一组数据时，做到第五个数据的T1配准时报错，说矩阵超出索引范围，请问是什么原因啊！

谢谢指点

Submitted by 1336770362@qq.com on Thu, 07/26/2018 - 08:54

各位老师好：

我有两个问题存在疑惑。首先，fMRI作为功能影像学方式，请问它目前已经应用于临床了吗？第二个问题：我在参考一些文献时注意到一些关于subject和session的描述，请问session指的是什么呢？

Submitted by zangzx on Wed, 11/07/2018 - 16:31

fMRI用于临床研究有一些，但是用于真正的临床还有相当一段距离

subject指被试

session可以指一次扫描，也可以指一次任务，具体理解需要根据文章上下文语境。

Submitted by 1336770362@qq.com on Thu, 07/26/2018 - 08:54

各位老师好：

我有两个问题存在疑惑。首先，fMRI作为功能影像学方式，请问它目前已经应用于临床了吗？第二个问题：我在参考一些文献时注意到一些关于subject和session的描述，请问session指的是什么呢？