VBM看结果时报错

Submitted by drpen on Fri, 12/17/2010 - 08:50

老师您好，请问，我按照在您实验室学习班的方法处理VBM后，想用rest的slice viewer来看结果，特别要用其中整合的xjview看report，但选择打开处理后的SpmT后，总是报“this NifTi image includes an rotation transformation.You should reslice this data before attempting to overlay the image.” VBM中怎么再做reslice？我按照Dartel-Vbm操作流程处理的，没看到有单独再做reslice啊？

Submitted by YAN Chao-Gan on Sat, 12/18/2010 - 23:14

你的图像经过了normalize吗？没有normalize的图像是无法报告cluster信息的。REST Slice Viewer不适合打开未经normalize的图像。

Submitted by drpen on Mon, 12/27/2010 - 19:18

我是先做VBM8的segment，然后选SPM-Tools-DARTEL Tools-Initial Import，然后做SPM-Tools-DARTEL Tools-Run DARTEL（creat Templates），然后做SPM-Tools-DARTEL Tools-Normalise to MNI Space，然后就可以做统计了，但得出的T图用rest Slice Viewer打不开。还要单做什么normalize么？

Submitted by YAN Chao-Gan on Mon, 12/27/2010 - 21:37

我没有用过SPM-Tools-DARTEL Tools-Normalise to MNI Space。
一般Normalise to MNI Space都含有reslice的过程以去掉头文件affine matrix中包含的旋转信息。
如果DARTEL现在不做reslice的话，暂时用REST Slice Viewer是没有办法查看的。
当然，折衷的办法是，用http://restfmri.net/forum/Programs_YAN中2. Program for re-orienting the un-normalized image (diagonalize the complex affine matrix): y_reorient.m　去手动去掉头文件affine matrix中包含的旋转信息，也要以试着用REST Slice Viewer查看。

Submitted by drpen on Wed, 01/05/2011 - 13:45

我下载了您说的这个程序，考到rest里了。但没搞明白您说的“去手动去掉头文件affine matrix中包含的旋转信息”如何操作，因为按照我的数据处理过程，中间不会生成txt之类的文件，不知调哪个文件进行regress out covariables操作。参加贵实验室的学习班时也没提到要进行额外操作才能用slice viewer看图，所以我一直怀疑是不是自己选错处理步骤了。所以我又把当时学习的录像看了，想确定一下：

1、进行VBM处理时，调出spm8时选择PET&VBM或fMRI处理数据是否都可以
2、贵实验室提供的VBM操作顺序是

也可以

但是学习班的时候老师是直接点选的fmri的spm menu窗口下的segment，这与按照操作手册中写的选择spm Graphics窗口下的TASKS---spm（interactive）---spacial---segment有无区别。选择spm（serial）与spm（interactive）有什么区别？
3、有时玻璃脑会有些“激活区”在脑外，这些如何预先能去除掉。

谢谢

Submitted by YAN Chao-Gan on Mon, 01/10/2011 - 17:02

你好！
我没有用过dartel。但我想如果做了normalize应该不至于还保留着旋转矩阵。
我建议你上传一个你的统计结果T图来看一下。