请教一个关于三组人seed-based FC的问题

您好!
我已经看到这个concern:http://www.restfmri.net/forum/node/764#comment-1235,但是现在有一个问题,我有三组人,比如想做pcc为种子点和全脑所有体素算功能连接,然后进行统计,请问过程是否应该如下:

得到r图后用fisher z变换,然后三组人分别单样本t检验并校正,之后用三组校正后的区域的并集做mask1,在这个mask1内做anova并校正,然后得到anova显著的区域并做mask2,然后在这mask2做两两的post-hoc t test。

除了上面这个问题,还有一个就是在单样本t检验的激活区域做成mask的时候,我们是只选与seed正连接的区域还是正负都要呢?

在严博这篇文章Spatial Patterns of Intrinsic Brain Activity in Mild Cognitive Impairment and Alzheimer’s Disease A Resting-State Functional MRI Study中也是先用了三组人的单样本t检验,但是之后的anova并没有在三组人单样本t检验结果的并集中做(还是基于的全脑的用灰质做的一个mask),难道这篇文章单样本t检验的目的只是为了观察吗?是否应该在单样本t检验的mask内部做anova比较合理呢?严博在视频中也有所阐述。

谢谢!

我认为你的做法是对的。我个人比较推荐用并集,也就是说,至少有一组人存在显著的功能连接。当然,在全脑内进行ANOVA,也是可以的。

ANOVA之后的post hoc analysis,多重比较校正的问题比较复杂,应该有两个校正,一个是多个体素需要校正,另一个是多个t-tests(比如,三组如果全部两两比较的话,就会有三次t-tests)。多个体素的校正,一般影像学数据处理软件都提供,但多次t-tests的校正,SPSS中提供多个方法,而我所知道的影像数据处理软件,都没有提供校正的方法。

我个人倾向于正、负都保留,最后存在组间差异的话,将每组的值(peak voxel的值或cluster内的均值)图示,以清楚显示在某个组是正还是负。

我以前说可以先做单样本T检验的并集MASK,然后再在并集MASK里面做双样本T检验。
有一个朋友被审稿人指出这样不妥,我想想之后认为审稿人说的是有道理的:
单样本显著做并集,意味着选出的脑区是 (1) 在A组显著但在B组不一定显著 (2)在A组不一定显著但在B组一定显著。这样,其实是将一些信息带入了双样本T检验的,从而减少了多重比较的次数。

这个Concern同样会存在于ANOVA中,如果你先用单样本T检验选了一遍,再去做ANOVA,相当于提前多看了一些信息。

我们在
Spatial Patterns of Intrinsic Brain Activity in Mild Cognitive Impairment and Alzheimer’s Disease A Resting-State Functional MRI Study一文中并未在并集MASK里面做ANOVA。

另外,做完ANOVA之后,会得到ANOVA显著的脑区,但post-hoc的双样本T检验不能在这个显著MASK里面进行多voxel的多重比较校正。我们在这篇文章中,post-hoc双样本T检验仍然在全脑MASK里面进行的多重比较校正。校正之后,再与ANOVA显著的脑区叠加,这属于一种简单的post-hoc多重比较校正(
simple least significant difference post-hoc test (although this is not a good post-hoc test)).


 严老师:
       想就上面的问题追问一下,关于您上面所说的“post-hoc双样本T检验仍然在全脑MASK里面进行的多重比较校正。校正之后,再与ANOVA显著的脑区叠加”,我的问题是:在此处校正之后的双样本T检验结果与ANOVA显著的脑区叠加具体是怎么操作的啊?在image caculator里具体用什么表达式?
       期待您的回复,谢谢!