DPARSF做完ReHo后,如何继续做FC

处理了30例BOLD数据,预处理和ReHo都已经完成,想再做一个FC看一下,请问老师,是单独勾选FC那个选项吗?提示要有一个文件夹,那这个文件夹里放哪一步的数据?

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Image icon ReHo设置.jpg131.53 KB
Image icon ReHo的结果文件夹.jpg22.1 KB

 如果你已经做了ReHo,那么你应该是没有在预处理勾选smooth,而是在ReHo计算完后勾选了Smooth derivatives或者Smooth ReHo的。

不管哪样,都必须确认你预处理已经做了detrend, filtering 和 remove nuisance regressors. 如果做了,可以直接在dparsfa上勾选FC,然后定义好ROI,然后在start directory处选择合适的起始文件夹,一般是FunImgARWDFC这个文件夹。存放的就是slice timing, realign, normalization, detrend, filtering, covariate removal后的数据。

另外,记得在后面勾上Smooth derivatives,对FC结果进行smooth。

张老师,这是进行ReHo时的设置
<IMG>http://image15-c.poco.cn/mypoco/myphoto/20131217/15/17459321920131217151203070.jpg</IMG>

detrend和filtering都做了,您说的 remove nuisance regressors我没找到在哪,是regress out  nuisance regressors吗?应该是没做。
还有,您说的FunImgARWDFC这个文件夹我的结果中也没有出现
[IMG]http://image15-c.poco.cn/mypoco/myphoto/20131217/15/17459321920131217151834091.jpg[/IMG]
还有smooth derivatives在哪个地方

张老师,图片上传到1楼了

你用的是DPARSF(基本版)做的,我说的是DPARSFA(高级版)。只有高级版里面才有从中间步骤继续往下做的功能。
你这种情况,与其换版本,不如重新跑一遍FC。这时候,其他设置和ReHo一样,只是regress out  nuisance regressors加上,smooth加上,种子点给出,把ReHo的勾去掉,FC的勾加上,就可以了。

张老师,我用rest从FunImgNormalized做了一遍FC,在ROI wise设定了4个ROI,希望计算各个ROI之间的功能连接。出现了三组txt文档,FCMap_001_detrend_filtered、ROI_FCMap_001_detrend_filtered和zFCMap_001_detrend_filtered,请问这三组txt文档分别怎么看。以zFC开头的文件是4×4的矩阵,我搜了论坛前面的帖子,是把每个受试者的数据导入spss中?如何获取ROI相互连接的信息?

用基本版重新跑是指从预处理开始吗?
如果同时勾选了ReHo和FC,那么平滑那个地方怎么选?

 FunImgNormalized这里的数据是normalization之后的数据,你还要进行平滑,去线性漂移,滤波,去协变量(如CSF,WM平均信号),然后才能做功能链接。

你确认你都做了吗?从结果来看,_detrend_filtered提示我你做了去线性漂移和滤波,但是其他几步做了吗?

你打开
zFCMap_001_detrend_filtered可以看到4×4的矩阵,矩阵的值就是4个ROI两两相关的值(即ROI相互连接的信息),001表示subject 001的值,你有几个subject就有几个这种4×4的矩阵。所有矩阵同样位置上的值就是不同被试相同两个ROI之间的FC,你提取出来,然后做统计。


  FunImgNormalized这里的数据是normalization之后的数据,你还要进行平滑,去线性漂移,滤波,去协变量(如CSF,WM平均信号),然后才能做功能链接。

你确认你都做了吗?从结果来看,_detrend_filtered提示我你做了去线性漂移和滤波,但是其他几步做了吗?

按照你说的,我用dparsf从FunImgNormalized开始,基本是从头跑的,应该是都做了。

你打开zFCMap_001_detrend_filtered可以看到4×4的矩阵,矩阵的值就是4个ROI两两相关的值(即ROI相互连接的信息),001表示subject 001的值,你有几个subject就有几个这种4×4的矩阵。所有矩阵同样位置上的值就是不同被试相同两个ROI之间的FC,你提取出来,然后做统计。

就是转换成一个两组t检验了?
如果是做ROI与全脑的FC,是不是也是这样做?会有一个图?

 

我不知道你的被试情况是什么,也不知道分组情况,到底是一组被试,还是两组被试的比较?
如果是两组被试比较,你提取出所有被试两两ROI之间的相关值(已经转成Z分了)后,就可以做双样本t test。

 我不知道你的被试情况是什么,也不知道分组情况,到底是一组被试,还是两组被试的比较?

如果是两组被试比较,你提取出所有被试两两ROI之间的相关值(已经转成Z分了)后,就可以做双样本t test。

两组受试比较,做t检验就可以了。

我按照张老师说的,用DPARSF重新跑了一遍FC,得到一些文件夹,其中FunImgNormalizedsmoothedDetrendedFilteredcovremoved是不是张老师前面说的经过多项预处理后可以继续做分析的文件?

以6例受试者分为两组为例,DPARSF跑出来的是4个ROI和全脑的FC吧?有6个.mat文件、48个nii文件(其中24个以Z开头)、6个TSV文件、6个TXT文档。应该用哪些文件做统计分析?单个nii文件用rest viewer怎么直观图形展示?