Submitted by haishijiandanhao on Thu, 03/17/2016 - 01:46
请问用rest怎样提取纹状体灰质体积,能通过predefine ROI from ALL template by selecting specific area 进行吗?还有用SPM算VBM得出的nii图像怎么用rest打开?总是提示要reslice,但是当用reslice功能时根本无法打开SPM得出的nii图像?请问这该怎么解决呢?
我的目的是把一组被试的纹状体体积提取出来,然后与其某个脑区的ALFF值做相关。谢谢老师!
Submitted by ZangYF on Thu, 03/17/2016 - 06:29 Permalink
Re: 请问用rest怎样提取纹状体灰质体积,能通过predefine ROI from ALL template by ...
我只回答纹状体体积的问题。读数据的问题,请高手回答。
纹状体的体积,假定以壳核为例,金标准是手工勾画出来,计算其体积。另一个方法好像是通过配准+分割,并利用一个概率图(好像是FreeSurfer的方法,我不是很确定)自动计算。上面这两个方法计算的都是真正的体积。SPM中还有一种volume,也只能译为体积,是voxel-based,称为gray matter volume,与gray matter density有类似之处。gray matter density反映了某个voxel属于属于灰质的可能性,相对比较容易理解,但我对于SPM的这个Gray matter volume的真正概念一直不是非常理解。
Submitted by haishijiandanhao on Thu, 03/17/2016 - 11:29 Permalink
Re: 请问用rest怎样提取纹状体灰质体积,能通过predefine ROI from ALL template by ...
谢谢臧老师的回答。
之前没有表述清楚,我想要提取的其实就是striatum的 volume。因为我用VBM算法比较了病人组与对照组在这个脑区有差异,但是用ALFF算法却没有发现它的ALFF 值有差异,现在想看一下striatum的volume和ALFF值是否存在相关性。ALFF值我已经用REST提取出来了,但是Volume却不知道怎么提取?麻烦老师指导了。
Submitted by ZangYF on Fri, 03/18/2016 - 06:09 Permalink
Re: 请问用rest怎样提取纹状体灰质体积,能通过predefine ROI from ALL template by ...
如果是SPM的VBM计算的volume,其提取方法与ALFF是一样的。
Submitted by sufan on Mon, 03/28/2016 - 15:18 Permalink
Re: 请问用rest怎样提取纹状体灰质体积,能通过predefine ROI from ALL template by ...
那请问老师,是不是就用VBM8做出来的m0wrp1这个图像来提取信号呢?这样用杏仁核mask提取出来的值就是杏仁核的volume?还有VBM有平滑的功能,是用平滑前还是平滑后的数据来提取信号呢?