使用dparsf for monkey 版本处理猴子的脑数据,如何进行reorient

老师,您好!

我目前正在使用dparsf 4.0 for monkey data 版本处理静息态猴子脑数据,采用的参数设置如下(事先已经去除了前6个时间点):

图1 参数设置

 

已经顺利完成了slice timing和realignment,到了reorient 那一步就不太清楚如何设置参数进行,用spm8里面的display显示了一下功能像如下,正确的应该是左上图是冠状位(coronal),左下是轴状位(axial),右上是矢状位(sagittal),可是我的功能像却是左上是轴状位,左下是冠状,右上虽是矢状位,且角度不对,请问老师应该如何进行reorient呢?另外,dpabi使用的是112RM-SL猴子模板,如何与之进行对其呢? 我之前是使用的spm8和fsl对猴子进行处理,可是结果很不理想,主要就是少了reorient这一步,我在使用spm8的时候分割所需要的先验模板以及标准化的标准模板也是使用的112RM-SL。请老师帮忙看看该怎么解决呢?谢谢!此外,数据处理完,我是打算计算猴子的DMN的,请问老师,我是应该是使用功能连接比较好做还是使用gift软件呢?

图2 Display功能像

 

 

 

                                                                                                                                                           学生,郭承珍

Re: 使用dparsf for monkey 版本处理猴子的脑数据,如何进行reorient

我没有做过猴子,不知道其他老师是否有建议,那我来试试:

1.这里试着调试display界面yaw,roll和pitch参数,调整到图3中的配置;

2.使用模板这里不太清楚,pipeline里已经有了参数,可以根据自己的需要改动相应的模板;

3.关于DMN,seed-ROI-based correlation及spatial ICA都可以很好的做出网络地形图,不过上面的预处理可能是一个前提。

 

Re: 使用dparsf for monkey 版本处理猴子的脑数据,如何进行reorient

是的,我是打算调整roll等参数,可是实在是不知道大概如何设置这些参数,参数的选择完全是凭感觉自己调整的,还是有个大概范围。是依据什么来进行调整啊?是个新手,麻烦老师仔细指导一下吧。另外,猴子的DMN选择又是如何进行的呢,经过gift工具估出14个ICs,怎么之中哪些是DMN成分呢?貌似 gift工具自带的DMN模板是人脑的

Re: 使用dparsf for monkey 版本处理猴子的脑数据,如何进行reorient

reorientation是调整到软件给出的参考位置,不需要非常准确,旋转和偏转不是很多的情况下都能在随后的分析中扭过来。可能识别ICs中的DMN首先是肉眼判断,应该也有不少共享的猴子DMN模板吧,你可以试试找找。

Re: 使用dparsf for monkey 版本处理猴子的脑数据,如何进行reorient

 

这是我使用 check register之后的结果图。感觉他们之间的坐标差异还是很大的。如果不进行reorient的话直接nornalize就会报错.另外,正确的应该是 coronal 位在左上,axial在坐下,但是我的这两个位置相反。而且sagittal的角度也差太多

Re: 使用dparsf for monkey 版本处理猴子的脑数据,如何进行reorient

这里看起来确实需要大幅度调整图像,只能建议多次尝试,使用不同的参数去调整。因为我没有做过猴子的,所以不敢妄言。

Comment viewing options

Select your preferred way to display the comments and click "Save settings" to activate your changes.