Dear REST experts,

Recently a shocking paper has been published which criticize the use of cluster-based parametric correction:

http://www.pnas.org/content/early/2016/06/27/1602413113

This paper also pointed out the bug in 3dClustSim in AFNI, which was left for 15 years until recently. As far as I understand the algorithm in AlphaSim is identical to 3DClustSim. So AlphaSim would have the same bug? Has it been fixed in recent release of REST PLUS?

Thank you in advance,

Jun

tomowillco用户你好：
你留的邮箱退信，显示邮件错误，请重新注册或者与我联系zangyf@gmailc.om

Firstly, all the images  should be corrected with the “eddy- current” toolbox in FSL.

臧老师好，reviewer提出使用T1图像做协变量前，需要用FSL做这个步骤？呃，我手头没有FSL软件，有啥可以替代的么？

ｒｅｖｉｅｗｅｒ提问，为啥一定是４４４的平滑？

我查了下，似乎有地方提出，平滑核的选择应该是ｖｏｘｅｌ的１.５倍数，ｖｏｘｅｌ是３３３，那么应该是４.５？

各位前辈好！

      我现在做了一个两样本t检验，打算在rest里面使用alphasim来估计cluster size，首先需要估计平滑核，具体界面见附件。里面需要输入三个文件才能估计平滑核，其中中间的mask file是做两样本t检验的mask吗？那其余的input statistical map和 FWHM of statistical map需要输入什么呢？

      谢谢各位！

    rest 里面的extract ROI Signal功能，我用自己弄的90个脑区作为ROI，最后得到的resultCorr.txt（90*90矩阵），是90个脑区的相关系数，接着去除了这90个脑区的协变量，再做了功能连接之后的ROI-WISE也得到FCMap.txt 或zFCMap.txt（90*90矩阵）,这个也是90个脑区相关系数。

北师大心理学院的11212015246新注册用户您好：你留的信箱可能是错误的，无法完成注册。请与我联系。zangyf@gmail.com

（新手）我有三组数据要进行分析，下面是我尝试的分析处理过程，但是不知道对不对，求老师指导一下，谢谢！

利用rest首先进行的ANOVA，找到差异性显著的clusters，（不知如何选择ROI做mask，所以只是单纯的存为clusterA.txt）。然后进行two sample t-test，又出来一些差异性显著的clusters，3组每进行两两比较就得到3个这样的clusters，分别记为cluster1,2,3。然后我将clusterA中具体的cluster与cluster1,2,3中的进行比对，将能对应起来的看作是两两比较时有差异性的脑区。这样做对吗？如果不对的话，麻烦教一下正确的方法。

另外，在rest中如何将ALFF voxel转换成 ALFF value？ 用ALFF与行为学指标做相关是需要ALFF value吗？不是的话，那又该怎么做呢？