August 2012

ICA的问题+DPARSF

Submitted by Chen0075 on Tue, 08/14/2012 - 21:30

各位老师：
请问一个ICA的问题：有3组subjects的静息态数据，其中2组同时采了follow-up的data；请问面对这样的“5组”数据时，ICA是否适用（比如分离DMN）。如果适用，那么成分数怎么定，是把全部“5组”的subjects都放进去做估计吗（但是其实真实的人只有3组！）。
另外：我用DPARSF的“extract AAL time course （90 regions）”的方法，提取了90个脑区的时间序列，然后我想做90个脑区之间的两两相关（90×89/2），应该怎么做呢，可以用REST做吗？
谢谢！

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有关阈值的选择

Submitted by 287391600 on Sat, 08/11/2012 - 10:35

老师：
      您好！
      由于我要选择我做的单样本t检验的结果做mask，在进行t检验时，请教阈值如何选择？在spm中有FWE、FDR（xjview中有这个选项）中涉及阈值的选择，我需要严格一些的结果，改如何选择呢，另外cluster的选择有没有一定的规定，一般选择多少？
      另外，用spm和rest做出的结果有些出入，我怎么选择呢？
      由于一些参数选择的不同，得到的结果有些不同，不同的结果会使最后做组间差异的结果也会不一样，这一点比较困扰我，再次请教老师您，麻烦了！

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how to use power spectrum

Submitted by cxl298 on Fri, 08/10/2012 - 07:31

Hi,
I'm trying to use the REST Power Spectrum tool, but unfortunately with no success.
When i click on it, it asks for an EPI brain map to be loaded.
When i do feed in a EPI, slice viewer pops up with the small EPI brain maps loaded as the 'underlay' in the bottom right corner, and nothing happens.

What do i do next?

-Christian

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GCA方法与REST-GCA相关问题

Submitted by wleewell on Thu, 08/02/2012 - 13:47

论坛老师们：
想请教一些GCA的问题。
1、一直感觉大家对这个方法褒贬不一，个人觉得虽然fMRI存在时间分辨率、采样率等不适合GCA的问题，但GCA运用于Fmri还是可以解释一些问题，毕竟静息态脑活动如此复杂，难以说清脑区间活动到底有多长的延迟。但也有人认为该方法根本不适用于fMRI的，此类文章页容易被毙。所以搞不清楚到底应该怎么看待GCA，老师们是否可以加以评论？
2、我用REST-GCA处理中有个问题，数据经常规的预处理、剔除协变量后，做GCA分析，结果发现，有几例受试者的有y2x图像全脑几乎都是黑的，spm查看强度几乎为0，只有一小块亮的像素区，强度很高。检查发现亮的区域正好在这些受试者有扫描时颅顶或颅底有一点点缺失的地方，还有x2y的图像有1例整脑都是灰灰的。所以想请老师们分析下，是GCA对扫描缺失很敏感吗，是否可以解决？

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resting data平滑核与p值的设定

Submitted by wleewell on Wed, 08/01/2012 - 16:46

论坛老师们：
     最近积累了几个问题，想问问大家：
     1、平滑核的选择。最近遇到文章返修，reviewer说4mm不是最合适，虽然没有继续揪这个问题，但我想看看大家的看法，因为有时候这个选择也会一定程度上影响到结果，是否随便选哪个都不算是大问题？

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about ALFF calculate in REST and DPARSF

Submitted by Qing Zhao on Wed, 08/01/2012 - 01:57

I found that the Fourier translation cost most time of the ALFF and fALFF calculating.
Maybe we need not to move the power spectrum files after ALFF so if you want fALFF later, REST can run it based on these files and save lots of times, especially when there are many many subjects.

I also wonder if you pick both ALFF and fALFF, how will DPARSF do this?

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