September 2012

vbm分析

Submitted by xyuan on Sun, 09/30/2012 - 22:19

学习vbm分析，使用了dparsfa的新分割与dartel的模板处理，非常方便，但是我想知道软件内部具体的操作流程与参数如何设置的？最后出来的结果应该是平滑过了，平滑核是多少？直接统计好像都是散点，我自己又平滑（8）一次；我自己又按vbm tutorial（john ashburner写的）的流程与参数跑了一遍，感觉出来结果不同，所以想知道贵软件vbm的流程参数设置如何，与vbm tutorial文中区别在哪里？还有贵软件做vbm过程中，dicom格式转换有问题，co前缀有时候缺失，软件就卡住了；我自己mricron转好，放入T1img，勾掉dicom转换，发现软件又不能跑下去；后来发现从NII文件开始，也要建立T1raw的文件夹，里面还得有相关文件夹（空的也行）；是否也可按功能数据一样，选从哪步开始。

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restfmri.net service temporally shutdown for maintenance, last about 4 hours in the morning of 2012-10-2, Beijing time

Submitted by admin on Thu, 09/27/2012 - 20:10

For server movement, restfmri.net service would be temporally shutdown, which will last about 4 hours in the morning of 2012-10-2, Beijing time.

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请教DMN及其负相关网络的区别

Submitted by taobao2010 on Wed, 09/26/2012 - 12:30

各位老师好：
我在贵实验室Wu, J.T., et al., Aging-related changes in the default mode network and its anti-correlated networks: A resting-state fMRI study. Neuroscience letters, 2011.的文章上看到采用小球法提出四个区域：PCC+、PCC-、vmPFC+、vmPFC-。将这四个区域取并集后构成的Mask，称之为默认网络及其负相关网络(default mode network and its anti-correlated networks)。根据这个说法，我想请问：
1. 单纯的默认网络DMN区域，是否仅为上述PCC+和vmPFC+的并集

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FC双样本T检验mask的问题

Submitted by yangshuo on Wed, 09/26/2012 - 09:29

严老师在http://www.restfmri.net/forum/node/764这个问题里提到FC的双样本T检验使用全脑mask，校正后再乘以两组1T的mask。根据这个我的作法是用全脑mask做双样本T检验，得到的T图用rest image caculate 乘以两组1T的mask，然后看结果用的全脑mask的校正，校前0.01，平滑核是6，alphasim校正用的是全脑mask的校正：clusters40，rmm5，p<0.05.
1、不知道这个做法对吗，校正有没有问题？
2、还有就是双样本T检验的灰质协变量怎么来的，是什么文件名？
3、去除智商协变量的话，那个txt文件怎么写，因为是两组人，好像视频上没有讲到。
4、如果根据双样本T检验的结果做与量表评分的相关，可以用双样本T检验的结果做mask做全脑相关吗？这样与提取功能连接值与量表评分相关有差别吗？

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A problem of preprocessing using DPARSFA

Submitted by wleewell on Tue, 09/25/2012 - 18:36

望严老师帮忙分析下原因:
1、试用新版DPARSFA预处理数据时，发现以下报错，另外想把剔除协变量放在滤波前，输入FunImgARWS图像，同样出现类似的报错。
Generating voxel specific head motion for G:\analysis\RealignParameter\sub_001_NC\rp_a20111119_085529ep2dpacedyntmocosunyu3T-018-20s003a001_011.txt...???

Error using ==> class
Cannot change the number of fields of class 'file_array' without first typing 'clear classes'.

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DPARSFA Error Related to Number of Parallel Workers

Submitted by druzgal on Tue, 09/25/2012 - 01:57

Hi,

I have been testing some of the features on DPARSFA V2.2PRE. When running on data from either 1 or 2 subjects using the options from "Calculate in MNI Space: TRADITIONAL Order", everything processes smoothly with parallel workers set at 0. However, when I set the parallel workers to 6 (on an 8 core machine), I get the following error:

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Some questions relative to your New edition sofeware

Submitted by wleewell on Mon, 09/24/2012 - 17:51

论坛老师好！

有几个问题想看看大家的意见。

1、AlphaSim与Gaussian random-field theory校正那个更严格，分别都更适用于那些情况呢？通常我发现GRF校正voxel P值设为z>2.3，这个值相当于p值多少呢，可否再设的松一点？REST新版加入了GRF校正，可否就该校正的参数设置及意义做一讲解呢？

2、前面严老师说REST中的REST smoothest可以估计校正要求的平滑值，对此有些不解：统计学检验图估计smooth值有什么意义？

3、我发现REST slice viewer与xjview好像有点差异，REST中输入voxel水平的p值0.01，对应T值2.70，而xjview中输入0.01对应T值2.32，不知什么原因？

4、新版DPARSFA中，将协变量剔除提前到filter前有什么意义？

麻烦了！

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