January 2013

Alphasim question

Submitted by catherine1994 on Thu, 01/17/2013 - 08:47

Dear All,

After my paired t-test analysis, I would like to use Alphasim for multiple comparision correction....however, I'm not sure about the procedure...
From what I saw in the video, it seems to be 1) set the p value in slice viewer 2)check the list of alphasim correction provided in slice viewer and 3)enter in the cluster size value, etc accordingly....

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DPARSF_V2.2_121225 / Warnings and empty .txt-files when writing single precision variables to .txt-files

Submitted by hbaetschmann on Tue, 01/15/2013 - 04:25

Doing ROI-to-ROI-FC-Analysis starting with FunImgARC-files produced warning-messages 'Warning: Attempt to write an unsupported data type to an ASCII file. Variable '...' not written to file.' when trying to write the result-files with extension '.txt' (ROICorrelation_subjxx.txt, ROICorrelation_FisherZ_subjxx.txt and ROISignals_subjxx.txt) in the result-directory 'Result/FC/FunImgARCF_ROISignals/'. Debugging showed, that the command 

save([fullfile(pathstr,['ROISignals_', name]), '.txt'], 'ROISignals', '-ASCII', '-DOUBLE','-TABS') (and 

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spm_slice_vol函数报错问题

Submitted by 06170323 on Tue, 01/15/2013 - 01:05

各位老师，
你们好！
      最近使用一个软件包spmmouse，它是基于SPM5做的一个工具包，我用的SPM版本就是SPM5，但我使用这个软件时还是会报下面这种错误，请教一下我应该如何解决这个问题？麻烦各位老师了，谢谢！

错误如下：
Running "Segment"

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DPARSF_V2.2_121225 / Jobmats / Template....mat

Submitted by hbaetschmann on Mon, 01/14/2013 - 19:47

Unfortunately the field 'DPARSFVersion' in the jobtemplates is still set to 'V2.2_120901Beta'. Having worked a lot with this beta version and now working with the final Version 2.2 I had some troubles tracing back some results, because I used the software version indicated in the saved mat-files, which was the wrong one. Can you provide updated templates ? Beneath that, I like to work with DPARSF and REST. Best thanks !  

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有关mica和gift

Submitted by fish on Sat, 01/12/2013 - 00:28

老师：
      你们开发的mica中有提到：如需要提取该成分进入后续分析（如组间比较，和医学量表做相关分析等），可以点击“Extract！”按钮，提取所有被试的该成分的空间模（以 NIFTI 格式保存）和时间模式（所有的被试的时间模式均放在一个 MATLAB 的 mat 文件中保存，可以用 MATLAB 打开和计算）到一个指定的目录中。我想问如果在gift中如果想做这样类似的计算，用什么具体流程呢？因为没有看到gift中有extract的按钮。
      

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有关ica做t检验

Submitted by fish on Fri, 01/11/2013 - 22:28
尊敬的老师：
      我刚开始学习影像处理，最近做在用gift做ica，很多文献说做各个component的one—sample t检验，因为gift做出来后是以sub为单位做成压缩文件的，所以我就将每个sub文件解压，挑出相应的component，但是用spm做t检验时没有发现voxel，想问原因，还是说我这么做的方法本来就是错误的。

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关于写论文的一些问题

Submitted by lwz110911 on Fri, 01/11/2013 - 17:18

 大家好:如下图所示，这是我从一篇论文中截下来的图。我想知道这个BA分区是怎么得到的，脑区是怎么和BA分区有关系的，用MRIcro软件可以得到么？

下图 我选取的是正常人和抑郁人有差异的体素坐标，转换到MNI上。然后在MRIcro上定位出这样子的结果。后面的步骤就不会了。如果可以接下来的步骤希望大家给我讲解下。谢谢大家！

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有关ica的后续处理

Submitted by fish on Thu, 01/10/2013 - 21:50

    老师：我想用gift去算静息态的网络，先使用spm做预处理，然后用pca2次降维，再使用informax做back restruction，得出46个components后，有下面一些问题想请教您：
1、很多文献说按照模版比如DMN、背侧注意网络之类的挑选成分，我想问具体的流程是怎样的，因为只给出了这些网络包含了哪些脑区，却都没有说清楚具体是怎样操作的
2、有的文献还说要使用wfu等软件包设计ROI，但有的又说不用，这使我很迷茫

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DPARSF 出错

Submitted by yubing on Thu, 01/10/2013 - 09:12

DPARSF 2.2
REST 1.8
Matlab 2011b
WINDOWS 2008

出错信息

Index exceeds matrix dimensions.

Error in y_Normalize_WriteToMNI_DARTEL (line 47)
SPMJOB.matlabbatch{1,1}.spm.tools.dartel.mni_norm.data.subj(1,1).flowfield={[T1ImgNewSegmentDir,filesep,SubjectID,filesep,DirImg(1).name]};

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请教一个关于重采样的问题

Submitted by duxue on Wed, 01/09/2013 - 10:22

 请问当我们想用Rest软件进行重采样的时候，这个软件默认的精度是多少啊？（1*1*1还是3*3*3啊？）在进行重采样的时候，有没有一个原则是只能从精度高的往低的重采样，不能把低的往高地采啊？我们现在想将VBM结果进行Alphasim矫正，当用slice viewer打开我们的结果时会出来一个警告提示我们进行重采样，而我们的结构数据在扫描时是1*1*1，当进行预处理进行配准时变成了1.5*1.5*1.5,所以最后的结果应该是1.5*1.5*1.5的，这样的话我们重采样需要采成多少呢？谢谢老师~~~

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