April 2014

请教各位老师是不是循环分析的情况？

Submitted by BAI FEI on Sat, 04/12/2014 - 12:25

各位老师，同学好~
我的实验做出了两组样本脑体积有差异的脑区，然后我想提取这些脑区的平均信号强度来与一组临床评分做相关分析，目的是想了解这些有差异的脑区与临床评分的相关性如何。
我的问题是：
1. 现在已知两组病人的临床评分组间无差异，在这种情况下，我是否可以将两组病人的图像合在一起与评分做相关？自己觉得组间评分如果有差异，再与有差异的脑区做相关才会有double dipping的嫌疑，不知道我理解的对不对？还想听听各位老师的意见

2. 或者我将有差异的脑区的平均信号强度分组来做相关。也就是说A组的信号和A组的评分，B组的信号和B组的评分各自做相关，然后在结果讨论的时候就分别对两组病人讨论。看的文献这么做的不多，不知道方法学上有没有不妥？如果分开做的话，那就是做两次相关，结果我需要P/N吗？

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Undefined function or variable ‘file array’

Submitted by liuhuan on Fri, 04/11/2014 - 20:08

              I'm fresher to REST Toolbox. Recently, I use it to compute ALFF. Unfortunately, At first step, it cause an error and promt “Undefined function or variable ‘file array’ ”.
              I tried to find the origin by baidu or google but failed. I think it stemed from wrong data format. The data format used is NIfTI 3D hdr/img pairs which were transformed from nii by MRIcro. My specific setting is "WIN7, REST1.8，MATLAB 2012b". 
             Can anyone solve this ERROR? And tell me how to do next. Thank you !

 

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关于cluster report报告生成，学习了张老师的v2.0，遇到一些具体问题

Submitted by leeona on Thu, 04/10/2014 - 11:30

张老师，您好！非常感谢您的 “How to report my result using REST slice viewer? v2.0”  ，我在实际操作过程中遇到了一些问题，特向您请教。
1. 首先确认一个问题，我理解的alphasim校正是通过控制cluster的大小来实现的，这个理解对吗？

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degree centrality 数据处理问题

Submitted by jinling on Wed, 04/09/2014 - 09:36

 各位老师：
您好，数据预处理采用的是DPARSFA2.3，已经得到degree centrality 文件夹，里面有6种数据：无prefix的二值化数据和加权数据，prefix为s的二值化数据和加权数据，以及prefix为z的二值化数据和加权数据。
我有两个问题：
1.数据还没有做smooth，用DPARSFA2.3可以继续做吗？选择FunImg还是FunRaw？如果选择FunImg，采用哪个结果文件继续跑？
2.我试着用SPM8做了一下smooth，degree centrality 文件夹里的所有数据都加了一个prefix-s，请问下一步我要做统计分析的话采用那组数据？
期待您的热心回复。
zhang
jinling hospital

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关于校正的问题

Submitted by 精进不休 on Tue, 04/08/2014 - 14:46

大家好。

想请教个关于校正的问题。

在做单样本T检验的时候是不是必须做矫正，如果alphsim不通过，可以换做FDR，或者再换别的；如果做两样本T检验的时候是不是就不用再矫正了，我看有些文献他们就是两样本就不在检验了，请问这是为什么？

如果如我所述，我该如何综合单样本和两样本的结果来报告显著的区域呢，因为在单样本中，病人和正常人在某个脑区可能都不显著，但是在两样本就显著，或者在单样本都显著而在两样本的时候却不显著了，我是不是应该主要以两样本为主，单样本的检验只是个辅助呢。

谢谢。

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回归与方差分析协变量问题请教各位老师

Submitted by BAI FEI on Tue, 04/08/2014 - 13:49

各位老师好，
我有一个关于三组病人单因素三水平方差分析FA的问题，考虑到年龄可能对白质改变起影响，所以就想在做方差分析的时候设年龄为协变量。之前试验性地比较了有无协变量情况的主效应，发现F-map还是不一样的。

首先，我不是很确定这算不算协方差分析。
其次，如果按照协方差的分析，前提需要满足年龄这个协变量与三组病人图像的回归系数，也就是斜率是一致的，才可行协方差分析。
第三，如果要评价三组病人图像跟各自年龄的回归系数，该在SPM里怎么操作？另外，如果三者的回归系数不一致，也就是说三条回归方程线有交叉，那我应该怎么处理年龄这个因素呢？
最后，如果在anova当中加了年龄做协变量，那么在随后的组间比较（事后分析）的时候，我还需要在T检验的时候加每两组的年龄作为他们的协变量吗？

不知道表述的清不清楚，问题有点繁琐，先谢谢各位老师啦~

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rest

Submitted by Hermy on Tue, 04/08/2014 - 12:05

老师您好，我刚刚开始学习应用这些软件。看了您的视频教程，在用REST处理原始数据的时候，选择REST—UTILITIES__REST DICOM SORTER，选择文件之后，不在空白那里出现，点击RUN，之后就出现这个
 
那个后缀名三种都试过，IMA，dcm，none都是这样结果。后来直接用光盘里面的数据也是这样。请问老师这是哪里出错了呢？多谢老师指教
另外，如果不用rest批处理的话，还可以用什么软件做批处理的呢？
再次感谢老师指教

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