请教臧老师和严老师

 臧老师、严老师:
       您们好!
       之前请教过一个问题,就是VBM结果有差异的区域是一个大团块(包括了几个结构,如颞极、海马、海马旁回等),我将这个有差异的大团块提取出来作为mask,再用rest的image calculator将这个大团块mask和从AAL模板提取出来的mask(例如海马)相乘,最后得到了海马里有差异的区域,再用这个区域作为mask用rest的extract ROI signals提取出每个病人这一区域的值,最后提取出来的值是0.5013、0.4812等等这样的数值。有两个问题想请教一下:1.这些数值具体的含义是什么呢?2、如何通过这些值换算出每个病人这些区域的灰质体积?期待您们的指导!谢谢!祝百事可乐!

你好!

这是基于什么图像进行提取的?Grey matter density,还是所谓的Grey matter volume (modulated)?

如果是前者的话,每个体素的值,代表该体素有多大的可能性是灰质。有人解释为该体素中灰质含量的百分比(密度),注意到概率与密度并不完全等价,但应该在某种程度上相关。对一个区域求平均,是概率值的平均,一定意义上可以解释为这个区域的平均灰质密度。

2. 通常灰质体积可能会采用modulated的图像,当然,这也是有争议的。若想精确测量某结构的体积,可能需要把这个区域画出来,再计算体积,但采用AAL模板一定程度上也能够接受。

我并不擅长VBM研究,以上个人观点仅供参考。

 谢谢严老师回复,我是用的DPARSFA里new segment and DARTEL跑的,是基于smwc1的图像提取的。用rest里的extract ROI signals提取出来的每个病人这一区域的值(诸如0.588396638963326, 0.517890039073082, 0.557933778465789, 0.506410537724765等等),就是不太理解这些值得含义,我看有的VBM相关文献里使用ROI的灰质体积和临床指标进行相关性分析,单位都是立方毫米或者立方厘米之类的,不知道是用什么方法计算的灰质体积。但我提取出来的这些值没有单位,不知道和这个mask区域的灰质体积是一种什么关系,如果和灰质体积相关的话,能否通过这些值计算出灰质体积。再次感谢!

你好!

既然基于smwc1, 可以理解为平均体积。如果voxel size是1*1*1,可以理解单位为立方毫米。乘以你的ROI大小,可以得到所谓的区域体积。

再次强调,我并不擅长VBM分析,以上回答只是我的理解,有可能是有问题的。最好多查查文献,有些好一点的文献会描述得很清楚他们是怎么做的。也欢迎你查完文献后给予反馈,我也学习学习哈。

 

 谢谢严老师,问题已经得以解决,之前向您请教的通过extract ROI signals提取出来的那些值我想可能是灰质概率吧(不知道理解得对不对),我用mask和每个被试的概率图分别提取VOI,再用easy_volums计算出了mask区域的每个被试的灰质体积,把概率和体积做了一下相关分析检测一下,是显著相关的(p=8.128191823430849e-47,r=0.992792632434549)。再次感谢严老师!

你好!

如果想要平均灰质概率,用swc1*文件。

smwc1*做过所谓的modulation,会被解释为体积。Easy_volume好像是直接是sum * 体素体积,亦即等价于REST提取的均值 * ROI体素数 * 体素体积。


 对了,我没有画ROI,只是我的结果里有差异的区域包括几个脑区,利用AAL模板提取出来的一个脑区作为mask乘以我的跨多个脑区的mask,从而得到一个脑区内的差异区域进行分析!不知道我表达清楚没,很抱歉!

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