请教臧老师和严老师

Submitted by will on Wed, 03/13/2013 - 19:55

 臧老师、严老师：
       您们好！
       之前请教过一个问题，就是VBM结果有差异的区域是一个大团块（包括了几个结构，如颞极、海马、海马旁回等），我将这个有差异的大团块提取出来作为mask，再用rest的image calculator将这个大团块mask和从AAL模板提取出来的mask（例如海马）相乘，最后得到了海马里有差异的区域，再用这个区域作为mask用rest的extract ROI signals提取出每个病人这一区域的值，最后提取出来的值是0.5013、0.4812等等这样的数值。有两个问题想请教一下：1.这些数值具体的含义是什么呢？2、如何通过这些值换算出每个病人这些区域的灰质体积？期待您们的指导！谢谢！祝百事可乐！

Submitted by YAN Chao-Gan on Thu, 03/14/2013 - 00:29

你好！

这是基于什么图像进行提取的？Grey matter density，还是所谓的Grey matter volume (modulated)？

如果是前者的话，每个体素的值，代表该体素有多大的可能性是灰质。有人解释为该体素中灰质含量的百分比（密度），注意到概率与密度并不完全等价，但应该在某种程度上相关。对一个区域求平均，是概率值的平均，一定意义上可以解释为这个区域的平均灰质密度。

2. 通常灰质体积可能会采用modulated的图像，当然，这也是有争议的。若想精确测量某结构的体积，可能需要把这个区域画出来，再计算体积，但采用AAL模板一定程度上也能够接受。

我并不擅长VBM研究，以上个人观点仅供参考。

Submitted by will on Thu, 03/14/2013 - 02:08

 谢谢严老师回复，我是用的DPARSFA里new segment and DARTEL跑的，是基于smwc1的图像提取的。用rest里的extract ROI signals提取出来的每个病人这一区域的值（诸如0.588396638963326, 0.517890039073082, 0.557933778465789, 0.506410537724765等等），就是不太理解这些值得含义，我看有的VBM相关文献里使用ROI的灰质体积和临床指标进行相关性分析，单位都是立方毫米或者立方厘米之类的，不知道是用什么方法计算的灰质体积。但我提取出来的这些值没有单位，不知道和这个mask区域的灰质体积是一种什么关系，如果和灰质体积相关的话，能否通过这些值计算出灰质体积。再次感谢！

Submitted by YAN Chao-Gan on Thu, 03/21/2013 - 06:43

你好！

既然基于smwc1， 可以理解为平均体积。如果voxel size是1*1*1，可以理解单位为立方毫米。乘以你的ROI大小，可以得到所谓的区域体积。

再次强调，我并不擅长VBM分析，以上回答只是我的理解，有可能是有问题的。最好多查查文献，有些好一点的文献会描述得很清楚他们是怎么做的。也欢迎你查完文献后给予反馈，我也学习学习哈。

 

Submitted by will on Fri, 03/22/2013 - 02:03

 谢谢严老师，问题已经得以解决，之前向您请教的通过extract ROI signals提取出来的那些值我想可能是灰质概率吧（不知道理解得对不对），我用mask和每个被试的概率图分别提取VOI，再用easy_volums计算出了mask区域的每个被试的灰质体积，把概率和体积做了一下相关分析检测一下，是显著相关的（p=8.128191823430849e-47，r=0.992792632434549）。再次感谢严老师！

Submitted by YAN Chao-Gan on Tue, 03/26/2013 - 04:24

你好！

如果想要平均灰质概率，用swc1*文件。

smwc1*做过所谓的modulation，会被解释为体积。Easy_volume好像是直接是sum * 体素体积，亦即等价于REST提取的均值 * ROI体素数 * 体素体积。


Submitted by will on Thu, 03/14/2013 - 02:14

 对了，我没有画ROI，只是我的结果里有差异的区域包括几个脑区，利用AAL模板提取出来的一个脑区作为mask乘以我的跨多个脑区的mask，从而得到一个脑区内的差异区域进行分析！不知道我表达清楚没，很抱歉！