Submitted by yhj2013 on Mon, 03/24/2014 - 17:45 想请问一下各位老师:我VBM分析的T检验结果,需要做alphasim校正,是进入rest后,mask选择直接把spm001.mat 这个结果文件当作mask吗? 感觉视频里的mask没有理解透彻,计算起来在matlab中看起来速度很慢。谢谢! Log in or register to post comments 23070 reads Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 03/26/2014 - 12:25 Permalink Re: 关于alphasim校正 VBM 分析的结果,你如果是对全脑分析的,要用全脑模板做Alphasim,如果是对灰质分析的,要用灰质模板。 而且模板的分辨率要保持和VBM数据一样,比如VBM结果是1×1×1的,模板也应该被采样成1×1×1. 而且分辨率变了,rmm也要变,变成大于voxel size ×1.4,小于voxel size×1.73,如果voxel size 是1,那就写1.6 Log in or register to post comments Submitted by yhj2013 on Wed, 03/26/2014 - 23:18 Permalink Re: 关于alphasim校正 非常感谢老师的回答哦!~(^_^)~ 1.我可能间断性的学习还是没有掌握好思路和软件的使用方法,按照老师说的,我用了灰质模板是91*109*91的,然后模板分辨率从2*2*2变成SPM里的1.5*1.5*1.5了,但是在做 alphasim的时候,我的设置是FHWM=8 rmm=5 p<0.001 ,iter1000. 但是遇到了几个问题,再请教下老师哦。 一。FHWM这个值我选择的是最初处理时默认的值,这样设置对吗?在做density的时候,我看了以前有老师说过平滑盒大了会影响最后的significant voxles的数目,所以这次我 改成6了,那这样的话我volume和density的alphasim出来的标准就不一样啦,如果写文章的话必须统一是吗? 二。关于density和volume的区别,也找了很多资料木有明确的解答哦,看了一些论文,但是论文中很少提及,有的是标题是体积,结果里面着重讨论的是密度,有的是密度变化为 主题,但是后来又讨论了体积,没有看到文章同时说体积和密度的,感觉都比较含糊,不知道老师是怎么理解的?有木有什么算法的差别啊? 三。 老师说的rmm也要变,我就设置的5,貌似也是spm中默认的。那我voxelsize现在为1.5*1.5*1.5=3.375, 那我的rmm就应该是大于4.725同时小于5.839,就是说中间 的值整数或者带小数的都可以啦?还是必须要保留以为小数然后取最接近最大值阈值的那个呢(比如这里我应该取值为5.7吗?我囧了。。 四。在做完几次完整的校正之后,我发现每次做的值都很接近但是都不同,这个是为什么呀? 2. 老师有木有遇到过,就是在做体积比较的时候只有一个假设有结果,而作密度比较的时候两个假设都有结果啊?我现在这个情况觉得挺奇怪的。不知道是什么原因,是因为我平滑盒后来改 成6的原因吗?还有就是用默认的平滑盒8做出的结果之后发现平滑盒变大了,用spm看的时候都翻倍啦。 问题有点碎哈,老师见谅,越学习感觉问题越多,谢谢老师的解答哦~! Log in or register to post comments Submitted by ZHANG_RESTadmin on Fri, 03/28/2014 - 11:24 Permalink Re: 关于alphasim校正 1.我可能间断性的学习还是没有掌握好思路和软件的使用方法,按照老师说的,我用了灰质模板是91*109*91的,然后模板分辨率从2*2*2变成SPM里的1.5*1.5*1.5了,但是在做alphasim的时候,我的设置是FHWM=8 rmm=5 p<0.001 ,iter1000. 但是遇到了几个问题,再请教下老师哦。 一。FHWM这个值我选择的是最初处理时默认的值,这样设置对吗?在做density的时候,我看了以前有老师说过平滑盒大了会影响最后的significant voxles的数目,所以这次我 改成6了,那这样的话我volume和density的alphasim出来的标准就不一样啦,如果写文章的话必须统一是吗? 最好是统一。 二。关于density和volume的区别,也找了很多资料木有明确的解答哦,看了一些论文,但是论文中很少提及,有的是标题是体积,结果里面着重讨论的是密度,有的是密度变化为 主题,但是后来又讨论了体积,没有看到文章同时说体积和密度的,感觉都比较含糊,不知道老师是怎么理解的?有木有什么算法的差别啊? 都可以,两种都行。体积是由密度计算而来的,没有什么本质的算法差别。 三。 老师说的rmm也要变,我就设置的5,貌似也是spm中默认的。那我voxelsize现在为1.5*1.5*1.5=3.375, 那我的rmm就应该是大于4.725同时小于5.839,就是说中间 的值整数或者带小数的都可以啦?还是必须要保留以为小数然后取最接近最大值阈值的那个呢(比如这里我应该取值为5.7吗?我囧了。。 2.1 到 2.6 之间的数。 因为你voxel size变为1.5,应该设1.5×(根号2)到1.5×(根号3)之间的数。 不需要非要整数啊。 四。在做完几次完整的校正之后,我发现每次做的值都很接近但是都不同,这个是为什么呀? 正常。 2. 老师有木有遇到过,就是在做体积比较的时候只有一个假设有结果,而作密度比较的时候两个假设都有结果啊?我现在这个情况觉得挺奇怪的。不知道是什么原因,是因为我平滑盒后来改 成6的原因吗?还有就是用默认的平滑盒8做出的结果之后发现平滑盒变大了,用spm看的时候都翻倍啦。 这个正常,两种比较所比较的东西不一样,得到结论不同很正常。 Log in or register to post comments Submitted by yhj2013 on Wed, 04/02/2014 - 19:27 Permalink Re: 关于alphasim校正 非常感谢老师的解答哦。 1.不过学生现在又有新的问题了,给老师说下学生的mask步骤: 我是在SPM中做的mask, 将双样本T检验的结果图文件SPM—001T中加入模板(Deparsf中的灰质模板)后,用P值为1将二者平均,得到的就作为进入rest中校正的mask了。余下参数是按照老师说的设置的。这样操作对吗? 一直都没想通。 2. 关于灰质密度的结果,看了很多文献都说了某个脑区在这类疾病中很重要且有明显的变化,但是我的结果并没有得出类似的脑区,反而得出以前文献中未报道过的脑区; 不仅是这样, 得到的其他的结果还是相反的,病人反而比健康人激活的脑区多。我仔细检查了实验过程, 除了校正,我的结果是未校正P〈0.001时候看的, 其他的没有问题。那为什么会出现那样的结果啊,请老师能否给我些建议啊? 再次感谢哦!~ (^_^) Log in or register to post comments Submitted by ZHANG_RESTadmin on Fri, 04/04/2014 - 13:15 Permalink Re: 关于alphasim校正 在SPM中做的mask, 将双样本T检验的结果图文件SPM—001T中加入模板(Deparsf中的灰质模板)后,用P值为1将二者平均,得到的就作为进入rest中校正的mask了。 这段话我没有看懂。sorry 第二个问题,你的结果不一定要和之前人的结果完全一致,有不同甚至完全不同都是有可能的。 Log in or register to post comments Submitted by yhj2013 on Mon, 04/07/2014 - 19:09 Permalink Re: 关于alphasim校正 谢谢老师的解答哦!~关于结果,我决定坚持下去。但是就是这个校正把我难倒啦。。 这个做mask的方法是我这边一个老师教我的,我也理解不了。但是最后用那个做alphasim还真的做出来个值,放进去选结果的时候貌似还可以。 就是将T图中加入灰质模板,就是spm中点击result-----apply image---选择DP中的灰质模板----inclusive----p=1----enter.然后输出voxels. 这样得到一个mask 就用来在rest中放入的mask了。 老师看看,这个做法是什么意思啊?偶也一直木有理解呢。囧 Log in or register to post comments Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 04/09/2014 - 14:04 Permalink Re: 关于alphasim校正 没有看出来这样做的合理性在哪儿。我认为这样不对。 首先p = 1这样来卡灰质模板就太严格了。 其次,这样得不到一个只有0和1两种值的mask图像 Log in or register to post comments Submitted by yhj2013 on Wed, 04/09/2014 - 14:57 Permalink Re: 关于alphasim校正 啊。是这样的啊,谢谢老师的解答! 那在做VBM种子分析的时候,他也是这样做的,说要求均值,把种子区域选好后作为image,apply进T图,后来的步骤是一样的,再提取VOI。 也一直不理解,他说就是做种子区域内的平均,P也是选择1. 这种过程是不是也是不对的啊? Log in or register to post comments
Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 03/26/2014 - 12:25 Permalink Re: 关于alphasim校正 VBM 分析的结果,你如果是对全脑分析的,要用全脑模板做Alphasim,如果是对灰质分析的,要用灰质模板。 而且模板的分辨率要保持和VBM数据一样,比如VBM结果是1×1×1的,模板也应该被采样成1×1×1. 而且分辨率变了,rmm也要变,变成大于voxel size ×1.4,小于voxel size×1.73,如果voxel size 是1,那就写1.6 Log in or register to post comments
Submitted by yhj2013 on Wed, 03/26/2014 - 23:18 Permalink Re: 关于alphasim校正 非常感谢老师的回答哦!~(^_^)~ 1.我可能间断性的学习还是没有掌握好思路和软件的使用方法,按照老师说的,我用了灰质模板是91*109*91的,然后模板分辨率从2*2*2变成SPM里的1.5*1.5*1.5了,但是在做 alphasim的时候,我的设置是FHWM=8 rmm=5 p<0.001 ,iter1000. 但是遇到了几个问题,再请教下老师哦。 一。FHWM这个值我选择的是最初处理时默认的值,这样设置对吗?在做density的时候,我看了以前有老师说过平滑盒大了会影响最后的significant voxles的数目,所以这次我 改成6了,那这样的话我volume和density的alphasim出来的标准就不一样啦,如果写文章的话必须统一是吗? 二。关于density和volume的区别,也找了很多资料木有明确的解答哦,看了一些论文,但是论文中很少提及,有的是标题是体积,结果里面着重讨论的是密度,有的是密度变化为 主题,但是后来又讨论了体积,没有看到文章同时说体积和密度的,感觉都比较含糊,不知道老师是怎么理解的?有木有什么算法的差别啊? 三。 老师说的rmm也要变,我就设置的5,貌似也是spm中默认的。那我voxelsize现在为1.5*1.5*1.5=3.375, 那我的rmm就应该是大于4.725同时小于5.839,就是说中间 的值整数或者带小数的都可以啦?还是必须要保留以为小数然后取最接近最大值阈值的那个呢(比如这里我应该取值为5.7吗?我囧了。。 四。在做完几次完整的校正之后,我发现每次做的值都很接近但是都不同,这个是为什么呀? 2. 老师有木有遇到过,就是在做体积比较的时候只有一个假设有结果,而作密度比较的时候两个假设都有结果啊?我现在这个情况觉得挺奇怪的。不知道是什么原因,是因为我平滑盒后来改 成6的原因吗?还有就是用默认的平滑盒8做出的结果之后发现平滑盒变大了,用spm看的时候都翻倍啦。 问题有点碎哈,老师见谅,越学习感觉问题越多,谢谢老师的解答哦~! Log in or register to post comments
Submitted by ZHANG_RESTadmin on Fri, 03/28/2014 - 11:24 Permalink Re: 关于alphasim校正 1.我可能间断性的学习还是没有掌握好思路和软件的使用方法,按照老师说的,我用了灰质模板是91*109*91的,然后模板分辨率从2*2*2变成SPM里的1.5*1.5*1.5了,但是在做alphasim的时候,我的设置是FHWM=8 rmm=5 p<0.001 ,iter1000. 但是遇到了几个问题,再请教下老师哦。 一。FHWM这个值我选择的是最初处理时默认的值,这样设置对吗?在做density的时候,我看了以前有老师说过平滑盒大了会影响最后的significant voxles的数目,所以这次我 改成6了,那这样的话我volume和density的alphasim出来的标准就不一样啦,如果写文章的话必须统一是吗? 最好是统一。 二。关于density和volume的区别,也找了很多资料木有明确的解答哦,看了一些论文,但是论文中很少提及,有的是标题是体积,结果里面着重讨论的是密度,有的是密度变化为 主题,但是后来又讨论了体积,没有看到文章同时说体积和密度的,感觉都比较含糊,不知道老师是怎么理解的?有木有什么算法的差别啊? 都可以,两种都行。体积是由密度计算而来的,没有什么本质的算法差别。 三。 老师说的rmm也要变,我就设置的5,貌似也是spm中默认的。那我voxelsize现在为1.5*1.5*1.5=3.375, 那我的rmm就应该是大于4.725同时小于5.839,就是说中间 的值整数或者带小数的都可以啦?还是必须要保留以为小数然后取最接近最大值阈值的那个呢(比如这里我应该取值为5.7吗?我囧了。。 2.1 到 2.6 之间的数。 因为你voxel size变为1.5,应该设1.5×(根号2)到1.5×(根号3)之间的数。 不需要非要整数啊。 四。在做完几次完整的校正之后,我发现每次做的值都很接近但是都不同,这个是为什么呀? 正常。 2. 老师有木有遇到过,就是在做体积比较的时候只有一个假设有结果,而作密度比较的时候两个假设都有结果啊?我现在这个情况觉得挺奇怪的。不知道是什么原因,是因为我平滑盒后来改 成6的原因吗?还有就是用默认的平滑盒8做出的结果之后发现平滑盒变大了,用spm看的时候都翻倍啦。 这个正常,两种比较所比较的东西不一样,得到结论不同很正常。 Log in or register to post comments
Submitted by yhj2013 on Wed, 04/02/2014 - 19:27 Permalink Re: 关于alphasim校正 非常感谢老师的解答哦。 1.不过学生现在又有新的问题了,给老师说下学生的mask步骤: 我是在SPM中做的mask, 将双样本T检验的结果图文件SPM—001T中加入模板(Deparsf中的灰质模板)后,用P值为1将二者平均,得到的就作为进入rest中校正的mask了。余下参数是按照老师说的设置的。这样操作对吗? 一直都没想通。 2. 关于灰质密度的结果,看了很多文献都说了某个脑区在这类疾病中很重要且有明显的变化,但是我的结果并没有得出类似的脑区,反而得出以前文献中未报道过的脑区; 不仅是这样, 得到的其他的结果还是相反的,病人反而比健康人激活的脑区多。我仔细检查了实验过程, 除了校正,我的结果是未校正P〈0.001时候看的, 其他的没有问题。那为什么会出现那样的结果啊,请老师能否给我些建议啊? 再次感谢哦!~ (^_^) Log in or register to post comments
Submitted by ZHANG_RESTadmin on Fri, 04/04/2014 - 13:15 Permalink Re: 关于alphasim校正 在SPM中做的mask, 将双样本T检验的结果图文件SPM—001T中加入模板(Deparsf中的灰质模板)后,用P值为1将二者平均,得到的就作为进入rest中校正的mask了。 这段话我没有看懂。sorry 第二个问题,你的结果不一定要和之前人的结果完全一致,有不同甚至完全不同都是有可能的。 Log in or register to post comments
Submitted by yhj2013 on Mon, 04/07/2014 - 19:09 Permalink Re: 关于alphasim校正 谢谢老师的解答哦!~关于结果,我决定坚持下去。但是就是这个校正把我难倒啦。。 这个做mask的方法是我这边一个老师教我的,我也理解不了。但是最后用那个做alphasim还真的做出来个值,放进去选结果的时候貌似还可以。 就是将T图中加入灰质模板,就是spm中点击result-----apply image---选择DP中的灰质模板----inclusive----p=1----enter.然后输出voxels. 这样得到一个mask 就用来在rest中放入的mask了。 老师看看,这个做法是什么意思啊?偶也一直木有理解呢。囧 Log in or register to post comments
Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 04/09/2014 - 14:04 Permalink Re: 关于alphasim校正 没有看出来这样做的合理性在哪儿。我认为这样不对。 首先p = 1这样来卡灰质模板就太严格了。 其次,这样得不到一个只有0和1两种值的mask图像 Log in or register to post comments
Submitted by yhj2013 on Wed, 04/09/2014 - 14:57 Permalink Re: 关于alphasim校正 啊。是这样的啊,谢谢老师的解答! 那在做VBM种子分析的时候,他也是这样做的,说要求均值,把种子区域选好后作为image,apply进T图,后来的步骤是一样的,再提取VOI。 也一直不理解,他说就是做种子区域内的平均,P也是选择1. 这种过程是不是也是不对的啊? Log in or register to post comments
Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 03/26/2014 - 12:25 Permalink
Re: 关于alphasim校正
VBM 分析的结果,你如果是对全脑分析的,要用全脑模板做Alphasim,如果是对灰质分析的,要用灰质模板。
而且模板的分辨率要保持和VBM数据一样,比如VBM结果是1×1×1的,模板也应该被采样成1×1×1.
而且分辨率变了,rmm也要变,变成大于voxel size ×1.4,小于voxel size×1.73,如果voxel size 是1,那就写1.6
Submitted by yhj2013 on Wed, 03/26/2014 - 23:18 Permalink
Re: 关于alphasim校正
非常感谢老师的回答哦!~(^_^)~
1.我可能间断性的学习还是没有掌握好思路和软件的使用方法,按照老师说的,我用了灰质模板是91*109*91的,然后模板分辨率从2*2*2变成SPM里的1.5*1.5*1.5了,但是在做
alphasim的时候,我的设置是FHWM=8 rmm=5 p<0.001 ,iter1000. 但是遇到了几个问题,再请教下老师哦。
一。FHWM这个值我选择的是最初处理时默认的值,这样设置对吗?在做density的时候,我看了以前有老师说过平滑盒大了会影响最后的significant voxles的数目,所以这次我
改成6了,那这样的话我volume和density的alphasim出来的标准就不一样啦,如果写文章的话必须统一是吗?
二。关于density和volume的区别,也找了很多资料木有明确的解答哦,看了一些论文,但是论文中很少提及,有的是标题是体积,结果里面着重讨论的是密度,有的是密度变化为
主题,但是后来又讨论了体积,没有看到文章同时说体积和密度的,感觉都比较含糊,不知道老师是怎么理解的?有木有什么算法的差别啊?
三。 老师说的rmm也要变,我就设置的5,貌似也是spm中默认的。那我voxelsize现在为1.5*1.5*1.5=3.375, 那我的rmm就应该是大于4.725同时小于5.839,就是说中间 的值整数或者带小数的都可以啦?还是必须要保留以为小数然后取最接近最大值阈值的那个呢(比如这里我应该取值为5.7吗?我囧了。。
四。在做完几次完整的校正之后,我发现每次做的值都很接近但是都不同,这个是为什么呀?
2. 老师有木有遇到过,就是在做体积比较的时候只有一个假设有结果,而作密度比较的时候两个假设都有结果啊?我现在这个情况觉得挺奇怪的。不知道是什么原因,是因为我平滑盒后来改 成6的原因吗?还有就是用默认的平滑盒8做出的结果之后发现平滑盒变大了,用spm看的时候都翻倍啦。
问题有点碎哈,老师见谅,越学习感觉问题越多,谢谢老师的解答哦~!
Submitted by ZHANG_RESTadmin on Fri, 03/28/2014 - 11:24 Permalink
Re: 关于alphasim校正
1.我可能间断性的学习还是没有掌握好思路和软件的使用方法,按照老师说的,我用了灰质模板是91*109*91的,然后模板分辨率从2*2*2变成SPM里的1.5*1.5*1.5了,但是在做alphasim的时候,我的设置是FHWM=8 rmm=5 p<0.001 ,iter1000. 但是遇到了几个问题,再请教下老师哦。
一。FHWM这个值我选择的是最初处理时默认的值,这样设置对吗?在做density的时候,我看了以前有老师说过平滑盒大了会影响最后的significant voxles的数目,所以这次我
改成6了,那这样的话我volume和density的alphasim出来的标准就不一样啦,如果写文章的话必须统一是吗?
最好是统一。
二。关于density和volume的区别,也找了很多资料木有明确的解答哦,看了一些论文,但是论文中很少提及,有的是标题是体积,结果里面着重讨论的是密度,有的是密度变化为
主题,但是后来又讨论了体积,没有看到文章同时说体积和密度的,感觉都比较含糊,不知道老师是怎么理解的?有木有什么算法的差别啊?
都可以,两种都行。体积是由密度计算而来的,没有什么本质的算法差别。
三。 老师说的rmm也要变,我就设置的5,貌似也是spm中默认的。那我voxelsize现在为1.5*1.5*1.5=3.375, 那我的rmm就应该是大于4.725同时小于5.839,就是说中间 的值整数或者带小数的都可以啦?还是必须要保留以为小数然后取最接近最大值阈值的那个呢(比如这里我应该取值为5.7吗?我囧了。。
2.1 到 2.6 之间的数。 因为你voxel size变为1.5,应该设1.5×(根号2)到1.5×(根号3)之间的数。
不需要非要整数啊。
四。在做完几次完整的校正之后,我发现每次做的值都很接近但是都不同,这个是为什么呀?
正常。
2. 老师有木有遇到过,就是在做体积比较的时候只有一个假设有结果,而作密度比较的时候两个假设都有结果啊?我现在这个情况觉得挺奇怪的。不知道是什么原因,是因为我平滑盒后来改 成6的原因吗?还有就是用默认的平滑盒8做出的结果之后发现平滑盒变大了,用spm看的时候都翻倍啦。
这个正常,两种比较所比较的东西不一样,得到结论不同很正常。
Submitted by yhj2013 on Wed, 04/02/2014 - 19:27 Permalink
Re: 关于alphasim校正
非常感谢老师的解答哦。
1.不过学生现在又有新的问题了,给老师说下学生的mask步骤: 我是在SPM中做的mask, 将双样本T检验的结果图文件SPM—001T中加入模板(Deparsf中的灰质模板)后,用P值为1将二者平均,得到的就作为进入rest中校正的mask了。余下参数是按照老师说的设置的。这样操作对吗? 一直都没想通。
2. 关于灰质密度的结果,看了很多文献都说了某个脑区在这类疾病中很重要且有明显的变化,但是我的结果并没有得出类似的脑区,反而得出以前文献中未报道过的脑区; 不仅是这样, 得到的其他的结果还是相反的,病人反而比健康人激活的脑区多。我仔细检查了实验过程, 除了校正,我的结果是未校正P〈0.001时候看的, 其他的没有问题。那为什么会出现那样的结果啊,请老师能否给我些建议啊? 再次感谢哦!~ (^_^)
Submitted by ZHANG_RESTadmin on Fri, 04/04/2014 - 13:15 Permalink
Re: 关于alphasim校正
在SPM中做的mask, 将双样本T检验的结果图文件SPM—001T中加入模板(Deparsf中的灰质模板)后,用P值为1将二者平均,得到的就作为进入rest中校正的mask了。
这段话我没有看懂。sorry
第二个问题,你的结果不一定要和之前人的结果完全一致,有不同甚至完全不同都是有可能的。
Submitted by yhj2013 on Mon, 04/07/2014 - 19:09 Permalink
Re: 关于alphasim校正
谢谢老师的解答哦!~关于结果,我决定坚持下去。但是就是这个校正把我难倒啦。。
这个做mask的方法是我这边一个老师教我的,我也理解不了。但是最后用那个做alphasim还真的做出来个值,放进去选结果的时候貌似还可以。
就是将T图中加入灰质模板,就是spm中点击result-----apply image---选择DP中的灰质模板----inclusive----p=1----enter.然后输出voxels. 这样得到一个mask 就用来在rest中放入的mask了。 老师看看,这个做法是什么意思啊?偶也一直木有理解呢。囧
Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 04/09/2014 - 14:04 Permalink
Re: 关于alphasim校正
没有看出来这样做的合理性在哪儿。我认为这样不对。
首先p = 1这样来卡灰质模板就太严格了。
其次,这样得不到一个只有0和1两种值的mask图像
Submitted by yhj2013 on Wed, 04/09/2014 - 14:57 Permalink
Re: 关于alphasim校正
啊。是这样的啊,谢谢老师的解答!
那在做VBM种子分析的时候,他也是这样做的,说要求均值,把种子区域选好后作为image,apply进T图,后来的步骤是一样的,再提取VOI。
也一直不理解,他说就是做种子区域内的平均,P也是选择1.
这种过程是不是也是不对的啊?