关于alphasim校正

Submitted by yhj2013 on Mon, 03/24/2014 - 17:45

 想请问一下各位老师：我VBM分析的T检验结果，需要做alphasim校正，是进入rest后，mask选择直接把spm001.mat 这个结果文件当作mask吗？ 感觉视频里的mask没有理解透彻，计算起来在matlab中看起来速度很慢。谢谢！

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 03/26/2014 - 12:25

 VBM 分析的结果，你如果是对全脑分析的，要用全脑模板做Alphasim，如果是对灰质分析的，要用灰质模板。

而且模板的分辨率要保持和VBM数据一样，比如VBM结果是1×1×1的，模板也应该被采样成1×1×1.

而且分辨率变了，rmm也要变，变成大于voxel size ×1.4，小于voxel size×1.73，如果voxel size 是1，那就写1.6

Submitted by yhj2013 on Wed, 03/26/2014 - 23:18

非常感谢老师的回答哦！~（^_^)~
1.我可能间断性的学习还是没有掌握好思路和软件的使用方法，按照老师说的，我用了灰质模板是91*109*91的，然后模板分辨率从2*2*2变成SPM里的1.5*1.5*1.5了，但是在做
alphasim的时候，我的设置是FHWM=8 rmm=5 p<0.001 ,iter1000. 但是遇到了几个问题，再请教下老师哦。
        一。FHWM这个值我选择的是最初处理时默认的值，这样设置对吗？在做density的时候，我看了以前有老师说过平滑盒大了会影响最后的significant voxles的数目，所以这次我
              改成6了，那这样的话我volume和density的alphasim出来的标准就不一样啦，如果写文章的话必须统一是吗？
       二。关于density和volume的区别，也找了很多资料木有明确的解答哦，看了一些论文，但是论文中很少提及，有的是标题是体积，结果里面着重讨论的是密度，有的是密度变化为   
             主题，但是后来又讨论了体积，没有看到文章同时说体积和密度的，感觉都比较含糊，不知道老师是怎么理解的？有木有什么算法的差别啊？
       三。 老师说的rmm也要变，我就设置的5，貌似也是spm中默认的。那我voxelsize现在为1.5*1.5*1.5=3.375， 那我的rmm就应该是大于4.725同时小于5.839，就是说中间                    的值整数或者带小数的都可以啦？还是必须要保留以为小数然后取最接近最大值阈值的那个呢（比如这里我应该取值为5.7吗？我囧了。。
       四。在做完几次完整的校正之后，我发现每次做的值都很接近但是都不同，这个是为什么呀？
2. 老师有木有遇到过，就是在做体积比较的时候只有一个假设有结果，而作密度比较的时候两个假设都有结果啊？我现在这个情况觉得挺奇怪的。不知道是什么原因，是因为我平滑盒后来改      成6的原因吗？还有就是用默认的平滑盒8做出的结果之后发现平滑盒变大了，用spm看的时候都翻倍啦。
问题有点碎哈，老师见谅，越学习感觉问题越多，谢谢老师的解答哦~！

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Fri, 03/28/2014 - 11:24

 1.我可能间断性的学习还是没有掌握好思路和软件的使用方法，按照老师说的，我用了灰质模板是91*109*91的，然后模板分辨率从2*2*2变成SPM里的1.5*1.5*1.5了，但是在做alphasim的时候，我的设置是FHWM=8 rmm=5 p<0.001 ,iter1000. 但是遇到了几个问题，再请教下老师哦。

        一。FHWM这个值我选择的是最初处理时默认的值，这样设置对吗？在做density的时候，我看了以前有老师说过平滑盒大了会影响最后的significant voxles的数目，所以这次我

              改成6了，那这样的话我volume和density的alphasim出来的标准就不一样啦，如果写文章的话必须统一是吗？

最好是统一。



       二。关于density和volume的区别，也找了很多资料木有明确的解答哦，看了一些论文，但是论文中很少提及，有的是标题是体积，结果里面着重讨论的是密度，有的是密度变化为   

             主题，但是后来又讨论了体积，没有看到文章同时说体积和密度的，感觉都比较含糊，不知道老师是怎么理解的？有木有什么算法的差别啊？

都可以，两种都行。体积是由密度计算而来的，没有什么本质的算法差别。


       三。 老师说的rmm也要变，我就设置的5，貌似也是spm中默认的。那我voxelsize现在为1.5*1.5*1.5=3.375， 那我的rmm就应该是大于4.725同时小于5.839，就是说中间                    的值整数或者带小数的都可以啦？还是必须要保留以为小数然后取最接近最大值阈值的那个呢（比如这里我应该取值为5.7吗？我囧了。。

2.1 到 2.6 之间的数。  因为你voxel size变为1.5，应该设1.5×（根号2）到1.5×（根号3）之间的数。
不需要非要整数啊。


       四。在做完几次完整的校正之后，我发现每次做的值都很接近但是都不同，这个是为什么呀？

正常。



2. 老师有木有遇到过，就是在做体积比较的时候只有一个假设有结果，而作密度比较的时候两个假设都有结果啊？我现在这个情况觉得挺奇怪的。不知道是什么原因，是因为我平滑盒后来改      成6的原因吗？还有就是用默认的平滑盒8做出的结果之后发现平滑盒变大了，用spm看的时候都翻倍啦。


这个正常，两种比较所比较的东西不一样，得到结论不同很正常。



Submitted by yhj2013 on Wed, 04/02/2014 - 19:27

非常感谢老师的解答哦。
1.不过学生现在又有新的问题了，给老师说下学生的mask步骤： 我是在SPM中做的mask, 将双样本T检验的结果图文件SPM—001T中加入模板（Deparsf中的灰质模板）后，用P值为1将二者平均，得到的就作为进入rest中校正的mask了。余下参数是按照老师说的设置的。这样操作对吗？ 一直都没想通。
2. 关于灰质密度的结果，看了很多文献都说了某个脑区在这类疾病中很重要且有明显的变化，但是我的结果并没有得出类似的脑区，反而得出以前文献中未报道过的脑区； 不仅是这样， 得到的其他的结果还是相反的，病人反而比健康人激活的脑区多。我仔细检查了实验过程， 除了校正，我的结果是未校正P〈0.001时候看的， 其他的没有问题。那为什么会出现那样的结果啊，请老师能否给我些建议啊？ 再次感谢哦！~  （^_^)

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Fri, 04/04/2014 - 13:15

在SPM中做的mask, 将双样本T检验的结果图文件SPM—001T中加入模板（Deparsf中的灰质模板）后，用P值为1将二者平均，得到的就作为进入rest中校正的mask了。

这段话我没有看懂。sorry

第二个问题，你的结果不一定要和之前人的结果完全一致，有不同甚至完全不同都是有可能的。

Submitted by yhj2013 on Mon, 04/07/2014 - 19:09

 谢谢老师的解答哦！~关于结果，我决定坚持下去。但是就是这个校正把我难倒啦。。
这个做mask的方法是我这边一个老师教我的，我也理解不了。但是最后用那个做alphasim还真的做出来个值，放进去选结果的时候貌似还可以。
就是将T图中加入灰质模板，就是spm中点击result-----apply image---选择DP中的灰质模板----inclusive----p=1----enter.然后输出voxels. 这样得到一个mask 就用来在rest中放入的mask了。 老师看看，这个做法是什么意思啊？偶也一直木有理解呢。囧

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 04/09/2014 - 14:04

 没有看出来这样做的合理性在哪儿。我认为这样不对。
 首先p = 1这样来卡灰质模板就太严格了。
 其次，这样得不到一个只有0和1两种值的mask图像
 

Submitted by yhj2013 on Wed, 04/09/2014 - 14:57

啊。是这样的啊，谢谢老师的解答！
那在做VBM种子分析的时候，他也是这样做的，说要求均值，把种子区域选好后作为image，apply进T图，后来的步骤是一样的，再提取VOI。
也一直不理解，他说就是做种子区域内的平均，P也是选择1.
这种过程是不是也是不对的啊？