关于在rest slice viewer中坐标转化的问题；

Submitted by Wei JM on Sat, 10/29/2016 - 16:32

各位老师好，最近在使用rest1.8的过程中遇到了几个问题，特来请教。

我在使用rest viewer的时候发现，用talairach坐标表示的种子点，被转化为mni坐标表示的种子点后其所在脑区发生了变化。例如我想利用谋篇文献中的位于amygdala的一个种子点制作球形ROI，将其talairach坐标转换为mni坐标之后发现该种子点位于HC（原文中的t坐标为29 -2 -15，转换后的mni坐标为30 -2 -21）。

另外，在rest1.8中也可以不用rest viewer进行坐标转换，但是在FC（Fun.Connectivity）中我发现坐标转化的结果和rest viewer是不同的。还是以这个位于amygdala的种子点为例，原文中t坐标为29 -2 -15，利用FC转换之后其min坐标为32 -2 -22。

这两种转化结果应该以哪个为准？

还有，经过坐标转换之后的种子点其所在脑区发生了变化，是不是意味着得出的结果不可用？例如，假设我利用静息态数据发现该种子点的球形ROI与insul之间的功能连接与抑郁得分相关显著，那我的结论是“amygdala与insula之间的功能连接与抑郁得分相关显著”还是“HC与insula之间的功能连接与抑郁得分相关显著”？

还请各位老师不吝赐教，谢谢！

 

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Submitted by gaolei6096 on Sat, 10/29/2016 - 18:48

我觉得这里主要涉及到相互转换的精度问题。转换后有小数点的会自动取舍成整数，这个过程中可能或多或少的就变了，这也是比较头疼的一个问题。从您提供的截图上看，球心位置有点偏，这样画球得到的ROI可能就跨越了脑区，为了解决这个问题，可以首先肉眼查看是否跨越了感兴趣解剖位置的边界，或者接着也可以使用当前精度更高的解剖模板（例如AAL2/3，LBPA40，DK40，Destrieux Atlas (2009) 等等）加上一层掩膜（thresholded masking ）、再加一层保障来限定。

Submitted by Wei JM on Sat, 10/29/2016 - 20:18

首先非常感谢您的帮助！

关于球形ROI跨越边界的问题，我想再请教一下：我做完球形ROI之后会view一下，然后报告这个ROI包含了几个脑区。很多时候球形ROI或多或少都会包含其他的脑区，如果我想以amygdala为兴趣区，那么这个球形ROI至少包含多少amygdala比较好呢？即多大程度上该ROI由amygdala组成比较好？50%？或者更多？

另外，您说的“精度更高的解剖模板”该如何获得呢？rest1.8自带的template只有AAL、BA和Ch2。所谓的“掩膜”的含义，您可以解释一下么？

最后，FC和rest viewer里面坐标转化结果的不同，您如何看待？哪一个比较精准一些呢？

初学者问题有点多，还望见谅哈。

Submitted by gaolei6096 on Sat, 10/29/2016 - 21:34

关于球形ROI跨越边界的问题，我想再请教一下：我做完球形ROI之后会view一下，然后报告这个ROI包含了几个脑区。很多时候球形ROI或多或少都会包含其他的脑区，如果我想以amygdala为兴趣区，那么这个球形ROI至少包含多少amygdala比较好呢？即多大程度上该ROI由amygdala组成比较好？50%？或者更多？
这个不好说，可以使用杏仁核的解剖模板mask再卡一下（相当于取自定义ROI与解剖模板的交集）。
另外，您说的“精度更高的解剖模板”该如何获得呢？rest1.8自带的template只有AAL、BA和Ch2。所谓的“掩膜”的含义，您可以解释一下么？
掩膜就是mask的翻译（抱歉翻译比较奇怪）。精度更高的可以搜那些模板的官网下载相应的模板，制成二值化mask，这样就能很好的达到这个目标。
最后，FC和rest viewer里面坐标转化结果的不同，您如何看待？哪一个比较精准一些呢？
这个我没有仔细对比过，但是确实在转换后小数点会发生某种变化，显示成整数坐标，这里具体我就不太清楚了，一些细微移动应该对功能连接影响不大，比如画球形不同的研究可能半径都不太一样。功能连接反映一种统计依赖关系，只要种子点不跨越不同功能网络系统的边界，应该问题都不太大，功能网络内部种子点的放置应该都不会发生显著的功能耦合关系改变，而且更重要的在这样同等条件下观察组间的差异。

Submitted by Wei JM on Sat, 10/29/2016 - 21:47

总体来说，t坐标和mni坐标之间的转换肯定是存在差异的。如果转换的结果导致ROI中心发生了跨脑区的变化，是不是就意味着该种子点的选取不太合适，位置太靠近边界？在制作ROI的时候会涵盖其他脑区？因此，是不是可以认为，最保险的方法就是用转换之后仍在同一脑区、位置距离边界较远的种子点制作球形ROI？

Submitted by gaolei6096 on Sat, 10/29/2016 - 18:55

还有，经过坐标转换之后的种子点其所在脑区发生了变化，是不是意味着得出的结果不可用？例如，假设我利用静息态数据发现该种子点的球形ROI与insul之间的功能连接与抑郁得分相关显著，那我的结论是“amygdala与insula之间的功能连接与抑郁得分相关显著”还是“HC与insula之间的功能连接与抑郁得分相关显著”？

 

关于这个问题，这倒不一定意味着什么，可以自己判断，即便是其它使用球形种子点的、可能实际情况变化也都不大一样。如果得到显著相关性，可以说两个区域之间的功能连接与抑郁评分显著相关。