Submitted by Wei JM on Sat, 10/29/2016 - 16:32
各位老师好,最近在使用rest1.8的过程中遇到了几个问题,特来请教。
我在使用rest viewer的时候发现,用talairach坐标表示的种子点,被转化为mni坐标表示的种子点后其所在脑区发生了变化。例如我想利用谋篇文献中的位于amygdala的一个种子点制作球形ROI,将其talairach坐标转换为mni坐标之后发现该种子点位于HC(原文中的t坐标为29 -2 -15,转换后的mni坐标为30 -2 -21)。
另外,在rest1.8中也可以不用rest viewer进行坐标转换,但是在FC(Fun.Connectivity)中我发现坐标转化的结果和rest viewer是不同的。还是以这个位于amygdala的种子点为例,原文中t坐标为29 -2 -15,利用FC转换之后其min坐标为32 -2 -22。
这两种转化结果应该以哪个为准?
还有,经过坐标转换之后的种子点其所在脑区发生了变化,是不是意味着得出的结果不可用?例如,假设我利用静息态数据发现该种子点的球形ROI与insul之间的功能连接与抑郁得分相关显著,那我的结论是“amygdala与insula之间的功能连接与抑郁得分相关显著”还是“HC与insula之间的功能连接与抑郁得分相关显著”?
还请各位老师不吝赐教,谢谢!
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Submitted by gaolei6096 on Sat, 10/29/2016 - 18:48 Permalink
Re: 关于在rest slice viewer中坐标转化的问题;
我觉得这里主要涉及到相互转换的精度问题。转换后有小数点的会自动取舍成整数,这个过程中可能或多或少的就变了,这也是比较头疼的一个问题。从您提供的截图上看,球心位置有点偏,这样画球得到的ROI可能就跨越了脑区,为了解决这个问题,可以首先肉眼查看是否跨越了感兴趣解剖位置的边界,或者接着也可以使用当前精度更高的解剖模板(例如AAL2/3,LBPA40,DK40,Destrieux Atlas (2009) 等等)加上一层掩膜(thresholded masking )、再加一层保障来限定。
Submitted by Wei JM on Sat, 10/29/2016 - 20:18 Permalink
Re: 关于在rest slice viewer中坐标转化的问题;
首先非常感谢您的帮助!
关于球形ROI跨越边界的问题,我想再请教一下:我做完球形ROI之后会view一下,然后报告这个ROI包含了几个脑区。很多时候球形ROI或多或少都会包含其他的脑区,如果我想以amygdala为兴趣区,那么这个球形ROI至少包含多少amygdala比较好呢?即多大程度上该ROI由amygdala组成比较好?50%?或者更多?
另外,您说的“精度更高的解剖模板”该如何获得呢?rest1.8自带的template只有AAL、BA和Ch2。所谓的“掩膜”的含义,您可以解释一下么?
最后,FC和rest viewer里面坐标转化结果的不同,您如何看待?哪一个比较精准一些呢?
初学者问题有点多,还望见谅哈。
Submitted by gaolei6096 on Sat, 10/29/2016 - 21:34 Permalink
Re: 关于在rest slice viewer中坐标转化的问题;
Submitted by Wei JM on Sat, 10/29/2016 - 21:42 Permalink
Re: 关于在rest slice viewer中坐标转化的问题;
好的,非常感谢。
Submitted by Wei JM on Sat, 10/29/2016 - 21:47 Permalink
Re: 关于在rest slice viewer中坐标转化的问题;
总体来说,t坐标和mni坐标之间的转换肯定是存在差异的。如果转换的结果导致ROI中心发生了跨脑区的变化,是不是就意味着该种子点的选取不太合适,位置太靠近边界?在制作ROI的时候会涵盖其他脑区?因此,是不是可以认为,最保险的方法就是用转换之后仍在同一脑区、位置距离边界较远的种子点制作球形ROI?
Submitted by gaolei6096 on Sat, 10/29/2016 - 18:55 Permalink
Re: 关于在rest slice viewer中坐标转化的问题;
还有,经过坐标转换之后的种子点其所在脑区发生了变化,是不是意味着得出的结果不可用?例如,假设我利用静息态数据发现该种子点的球形ROI与insul之间的功能连接与抑郁得分相关显著,那我的结论是“amygdala与insula之间的功能连接与抑郁得分相关显著”还是“HC与insula之间的功能连接与抑郁得分相关显著”?
关于这个问题,这倒不一定意味着什么,可以自己判断,即便是其它使用球形种子点的、可能实际情况变化也都不大一样。如果得到显著相关性,可以说两个区域之间的功能连接与抑郁评分显著相关。