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Submitted by natalia on Fri, 04/01/2011 - 16:23

严老师： 您好，我做了REHO的双样本t检验，结果如下：
为什么会有激活区跑到脑外去？是我采样的问题还是处理过程中出了问题？单样本T检验的激活区都是在脑内，而且做的ALFF的值也都是在脑内，唯独REHO的双样本T检验出现了这种情况。希望能得到您的帮助。

Submitted by dongzy08 on Sat, 04/02/2011 - 09:12

我师兄这几天比较忙，我代他回答下。
你用的是smReho做的结果吧，由于做完Reho之后又做了平滑，所以在脑边缘的位置受平滑的影响，使脑外有了值。你之前的操作应该没有问题。两种方法可以处理: 1.用不做smooth的Reho，即mReho来做；2.用Image calculator再乘一次全脑Mask。建议第二种方法。

Submitted by natalia on Sat, 04/02/2011 - 15:42

谢谢您对我上一个问题的帮助。现在还有一个小问题：严老师介绍了sliceview的一个小功能——CL.report，我已经用它得到了所有的clusters及其相应的参数，但是发现有一些cluster很大，并且列出了很多个脑区，我该从这些脑区中怎么做选择？下面附上一个cluster的参数：

Cluster 6
Number of voxels: 1010
Peak MNI coordinate: 9 -69 27
Peak MNI coordinate region: // Right Cerebrum // Occipital Lobe // Precuneus // White Matter // undefined // Cuneus_R (aal)
Peak intensity: 9.248
# voxels    structure
 1010 --TOTAL # VOXELS--
 536 Right Cerebrum
 427 Gray Matter
 365 Left Cerebrum
 351 Precuneus
 310 Occipital Lobe
 304 Parietal Lobe
 277 White Matter
 273 Limbic Lobe
 230 Precuneus_R (aal)
 188 Cingulate Gyrus
 185 Cuneus
 169 Precuneus_L (aal)
 155 brodmann area 31
 143 Calcarine_R (aal)
 129 brodmann area 7
 117 Calcarine_L (aal)
 109 Inter-Hemispheric
   92 Posterior Cingulate
   57 Cingulum_Mid_R (aal)
   53 Cuneus_L (aal)
   53 Cingulum_Post_L (aal)
   50 Cingulum_Mid_L (aal)
   47 brodmann area 23
   45 Cuneus_R (aal)
   43 Lingual Gyrus
   34 Cingulum_Post_R (aal)
   28 brodmann area 17
   26 brodmann area 18
   25 Paracentral Lobule
   22 Frontal Lobe
   18 brodmann area 30
   18 Lingual_L (aal)
   17 brodmann area 5
   16 Postcentral Gyrus
   11 Lingual_R (aal)
    7 Paracentral_Lobule_R (aal)
    4 Sub-Gyral
    4 Superior Parietal Lobule
    4 Temporal Lobe
    3 brodmann area 4
    2 brodmann area 29
    1 brodmann area 24

Submitted by dongzy08 on Sat, 04/02/2011 - 21:31

首先，看Peak的坐标: 9 -69 27，其所在的脑区是Precuneus或者说Cuneus_R (aal)，结果中必须给出。
其次，看有voxel数量最多的有意义的脑区，左右脑，灰质白质，某个脑叶，如果不是特殊研究，一般不说，这里voxel数量最大的是Precuneus
基于以上两点，Precuneus应该是这个团块的主要脑区。
另外，如果你对某个脑区非常关注，也可以在结果中给出，比如对后扣带感兴趣，根据文章的需要也可以讨论，但并不是结果的主要脑区。

Submitted by natalia on Sat, 04/02/2011 - 23:49

非常感谢~~还有两个小问题：
1、如果遇到下面这种的cluster：
Cluster 16
Number of voxels: 27
Peak MNI coordinate: 9 -72 51
Peak MNI coordinate region: // Right Cerebrum // Parietal Lobe // Precuneus // White Matter // undefined // Precuneus_R (aal)
Peak intensity: -4.5604

Cluster 17
Number of voxels: 21
Peak MNI coordinate: 18 -48 60
Peak MNI coordinate region: // Right Cerebrum // Parietal Lobe // Precuneus // Gray Matter // brodmann area 7 // Parietal_Sup_R (aal)
Peak intensity: -4.8224
这两个cluster有什么不同？要两个一起报出来吗？还是选择一个报？
2、类似于下面这样的Cluster
Cluster 1
Number of voxels: 256
Peak MNI coordinate: -12 -90 -42
Peak MNI coordinate region: // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined
Peak intensity: -6.5132
# voxels structure
256 --TOTAL # VOXELS--
191 Left Cerebellum
191 Cerebellum Posterior Lobe
134 Cerebelum_Crus2_L (aal)
61 Uvula
53 Tuber
39 Pyramis
29 Cerebelum_Crus1_L (aal)
22 Inferior Semi-Lunar Lobule
16 Declive
我又该如何报？只报Cerebellum Posterior Lobe是不是就可以了？

Submitted by dongzy08 on Sun, 04/03/2011 - 10:55

1. 在结果列表中列出来，不做详细讨论。
2. 手动看看-12 -90 -42在什么位置，然后给出结果。如果确实无分区名称，结果列表中peak点所在脑区的名称可以空出。不过这个坐标看起来是在脑脊液上吧，建议还是要仔细分析下结果。

Submitted by guishaogao on Sat, 12/15/2012 - 00:18

我也要请教一个上面仁兄一样的问题：我已经用它得到了所有的clusters及其相应的参数，并且列出了很多个脑区，我该从这些脑区中怎么做选择？Cluster 1
Number of voxels: 4982
Peak MNI coordinate: 3 -78   6
Peak MNI coordinate region:  // Right Cerebrum // Occipital Lobe // Cuneus // Gray Matter // brodmann area 18 // Calcarine_R (aal)
Peak intensity: 15.2169
# voxels structure
 4982 --TOTAL # VOXELS--
 2564 Occipital Lobe
 2263 Right Cerebrum
 2101 White Matter
 1803 Left Cerebrum
 1567 Gray Matter
 1358 Cuneus
  706 Precuneus
  664 Lingual Gyrus
  581 Calcarine_L (aal)距状回
  581 Limbic Lobe
  527 Parietal Lobe
  518 Calcarine_R (aal)
  458 Lingual_R (aal)舌回
  453 brodmann area 18
  423 Cerebellum Anterior Lobe
  416 Lingual_L (aal)
  401 Culmen
  386 brodmann area 19
  382 Cuneus_L (aal)楔回
  376 Posterior Cingulate
  355 Sub-Gyral
  354 Cuneus_R (aal)
  321 Occipital_Sup_L (aal)枕上回
  315 Right Cerebellum
  283 Occipital_Sup_R (aal)
  273 Left Cerebellum
  226 Temporal Lobe
  203 brodmann area 7
  189 Parahippocampa Gyrus
  186 Precuneus_R (aal)楔前叶
  184 Sub-lobar
  174 Fusiform_R (aal)纺锤体
  166 brodmann area 30
  165 Cerebellum Posterior Lobe
  163 Inter-Hemispheric
  136 Declive
  125 Extra-Nuclear
  120 Cerebelum_4_5_L (aal)
  119 brodmann area 31
  116 Occipital_Mid_R (aal)枕中回
  110 Cerebelum_4_5_R (aal)
  102 Fusiform_L (aal)
  101 Precuneus_L (aal)
  101 brodmann area 17
   84 Middle Occipital Gyrus
   80 Vermis_4_5 (aal)
   79 Cerebelum_6_L (aal)
   75 Fusiform Gyrus
   63 Cerebelum_6_R (aal)
   47 Corpus Callosum
   44 Middle Temporal Gyrus
   40 Occipital_Mid_L (aal)
   40 Lateral Ventricle
   40 Cerebro-Spinal Fluid
   35 Parietal_Sup_R (aal)
   31 brodmann area 29
   25 brodmann area 23
   25 ParaHippocampal_R (aal)
   21 Thalamus
   20 Vermis_6 (aal)
   20 Vermis_8 (aal)
   19 brodmann area 37
   18 Parietal_Sup_L (aal)
   17 Thalamus_R (aal)丘脑
   14 Superior Occipital Gyrus
   14 Vermis_7 (aal)小脑蚓部
   13 Pyramis
   12 Uvula
   11 Cerebelum_8_L (aal)
   11 Culmen of Vermis
    8 Cerebelum_Crus1_L (aal)
    7 brodmann area 36
    7 ParaHippocampal_L (aal)海马旁回
    6 Declive of Vermis
    5 Cerebelum_Crus1_R (aal)
    5 Midbrain
    5 Superior Parietal Lobule
    5 Vermis_3 (aal)
    5 Right Brainstem
    4 Ventral Posterior Lateral Nucleus
    4 Cerebelum_Crus2_L (aal)
    3 Cingulum_Post_R (aal)
    3 Cerebellar Lingual
    3 Temporal_Mid_R (aal)颞中回
    3 Hippocampus_R (aal) 海马
    2 Mammillary Body
    2 brodmann area 27
    2 Pulvinar
    2 Nodule
    2 Tuber of Vermis
    2 Pyramis of Vermis
    2 Cerebelum_8_R (aal)
    2 Ventral Posterior Medial Nucleus
    2 Cerebelum_Crus2_R (aal)
    1 Cingulum_Post_L (aal)
    1 brodmann area 39
    1 Medial Geniculum Body
    1 Angular Gyrus
----------------------
Cluster 2
Number of voxels: 98
Peak MNI coordinate: 12  24   6
Peak MNI coordinate region:  // Right Cerebrum // Sub-lobar // Lateral Ventricle // Cerebro-Spinal Fluid // undefined // undefined
Peak intensity: -7.1437
# voxels structure
   98 --TOTAL # VOXELS--
   90 Right Cerebrum
   72 White Matter
   49 Sub-lobar
   43 Sub-Gyral
   43 Frontal Lobe
   24 Extra-Nuclear
   17 Lateral Ventricle
   17 Cerebro-Spinal Fluid
   13 Caudate_R (aal)尾状
   11 Corpus Callosum
    9 Gray Matter
    8 Caudate
    8 Caudate Head
    7 Left Cerebrum
    6 Limbic Lobe
    6 Anterior Cingulate
    6 Caudate_L (aal)
    1 Frontal_Med_Orb_R (aal)前额
    1 brodmann area 32
    1 Inter-Hemispheric
----------------------
Cluster 3
Number of voxels: 115
Peak MNI coordinate: -27 -99  -6
Peak MNI coordinate region:  // Left Cerebrum // Occipital Lobe // Cuneus // Gray Matter // undefined // undefined
Peak intensity: -6.538
# voxels structure
  115 --TOTAL # VOXELS--
   95 Occipital Lobe
   95 Left Cerebrum
   71 Middle Occipital Gyrus
   62 Gray Matter
   53 Occipital_Mid_L (aal)枕中回
   45 brodmann area 18
   27 White Matter
   13 brodmann area 19
   11 Cuneus
   10 Inferior Occipital Gyrus
    9 Occipital_Inf_L (aal) 枕下回
    4 Lingual Gyrus
    1 Sub-Gyral

Submitted by homerzeng on Thu, 11/10/2011 - 01:34

老师, 激活 在脑外 遇到前面相同问题，

2.用Image calculator再乘一次全脑Mask , 如何做，请显示.非常感谢!!

add group image ( 全部同smReHo-1_Map 吗？) ??
add individual image (全脑Mask吗？, 选那个Mask , BrainMask_05_53x63x46, BrainMask_05_61x73x61, BrainMask_05_91x109x91 )
我用DPARSF Normalize by using EPI template, 用BOUDING Box [-90 -126 -72;90 90 108]Voxel Sized [3,3,3]

非常感谢!!

Homer Zeng,

Submitted by YAN Chao-Gan on Thu, 11/10/2011 - 03:54

是的。可以这样做。

另一种做法是做统计的时候加一个MASK文件。

选BrainMask_05_61x73x61