Resting-state fMRI topics

下载ABIDE提供的数据，发现fMRI和提供的atlas的voxel size都是3mm*3mm*3mm大小，但是两者的维度分别是:

fMRI data 维度 <61×73×61×T> (T is the number of time points).;
Harvard-Oxford (HO) atlas 维度<65×77×63>.

我尝试去除HO atlas两端的数据，使其维度变成<61×73×61>，而后先获取voxel time series，再对各个ROI内的voxel time series取平均，但是得到的ROI time series与ABIDE下下载的差异很大。

我尝试从其他网站下载Harvard-Oxford (HO) atlas，发现维度是 <61×73×61>，但是用这个atlas得到的对应ROI time series与ABIDE下载的差异也很大。

我把我上述处理结果附上，见附件。

我的目标是获得voxel time series，请问这种情况如何处理?

Dear all,

I hope this email finds you well..

I have a question about what kind of processing should be done before matching the fMRI data and the atlas. I got a suggestion that “additional planes of zeros should be firstly stripped off before changing the atlas to match the data”. If the Harvard-oxford atlas and the preprocessed functional image have different number of additional planes of zeros. What kind of processing should be done before matching them.

使用REST1.8设置好两个球形ROI之后（FC中的ROIwise选项），添加预处理过的静息态数据，勾选detrend和filter，生成的zFCMap（txt文件）没有生成相关被试两个ROI之间的相关系数，如截图。而且ROI_FCMap（txt文件）也没有按照时间序列生成两列ROI信号值。在运行过程中都没有报错。

Dear all,

I downloaded the Harvard-Oxford atlas (ho_labels.csv and ho_roi_atlas.nii). These two files can be downloaded from http://preprocessed-connectomes-project.org/abide/Pipelines.html, where youu can find "The subcortical and cortical ROIs were combined and then fractionated into functional resolution using nearest-neighbor interpolation. [Atlas][Labels]". Through load_nii('ho_mask_pad.nii'), I can get the index of voxel in each ROI. Fox example, I use the following code to get the index of the ROI labeled 10

load_nii('ho_mask_pad.nii');

刚开始写论文想做一些好看的图片，但是找不到哪些软件可以做，感谢大佬解答

请教各位一个问题。

我看到一些文章，都会把Nodes划分到不同网络，比如看到有的文章说到we utilized data from Smith et al.’s study to assign
264 nodes into 10 functional networks corresponding to the primary resting state networks (RSNs) [40].

[40] S. M. Smith, K. L. Miller, G. Salimi-Khorshidi, M. Webster, C. F. Beckmann, T. E. Nichols, J. D. Ramsey, and M. W.
Woolrich, “Network modelling methods for fmri,” Neuroimage, vol. 54, no. 2, pp. 875–891, 2011.

请问Harvard-Oxford 这种模板下的Nodes有没有谁做过归类？直接按照现在110个Nodes的顺序画出的功能连接图(functional connectivity)看上去很散，很乱。谢谢

小白一个，想请问各位大神、前辈、老师：

静息态pCASL磁共振成像是否可以分析结构和功能像，除了它的CBF脑血流的主要特征？有没有老师可以分享一下如何进行分析，谢非常感谢！

老师好，我在做基于ROI的FC时候出现这个报错，mask我是选default mask的，检查过协变量数据和放入的被试是一致的，请问怎么解决呢？

运行dpabi时，右下方键入FunImg，被试一直加载不出来是怎么回事呀，老师

各位老师好，我想问一下为什么用RESTplus滤波的时候，mask图像一直读取不上呢？