ZangYF Group's CVs

between a restricted ROI x gray matter mask region for Degree Centrality

Submitted by jwhnavy on Sun, 02/23/2014 - 07:47

Hi REST experts,

I'd like to perform Degree Centrality analysis within restricted ROI (e.g., only PFC region).
To do so, I do make a correlation matrix between voxels in the restricted ROI and voxels in whole gray matter mask (or default whole brain mask) before applying threshodling (r>0.025) and counting or averaging.

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Resting-state fMRI topics

aal 116ROI coordinates

Submitted by qqguai on Mon, 02/24/2014 - 09:27

 老师，

 您们好！
 
 我下载了AAL 116 roi center 的坐标。但使用一个软件看点分布的时候，发现只有一个大脑半球显示了AAL 的 ROIs。下载craddock坐标后，这个软件显示的是全脑node分布。很想问问使用AAL roi 中心坐标的时候是否需要注意些什么。。。？

 非常感谢！

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Error in preprocessing with DPARSF 2.1

Submitted by lixiangcx on Mon, 02/24/2014 - 10:34

老师您好，
      我用DPARSF 2.1进行数据预处理，刚开始做Slice Timing就出现错误，小白表示看不懂，求指教，非常感谢。
      PS：用的SPM5和REST_V1.8

错误如下：

Running "Slice Timing"

 
SPM5: spm_slice_timing (v$Rev: 112 $)              10:01:28 - 24/02/2014
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请教关于ALFF统计分析的问题

Submitted by Carolineqiu on Tue, 02/25/2014 - 01:22

老师，您好，我现在刚接触数据处理，正在做ALFF分析，过程中遇到了一下几个问题，想请教一下：
1.单样本T检验中及双样本T检验中MASK怎么制作啊？我看到http://restfmri.net/forum/node/1040中说“ 制作MASK有个虽然笨但肯定不出错的方法告诉你,save clusters,然后在calculator里自己除以自己,即i1./i1,两幅单样本图都这样处理,相加之后再除以自己”：这个表达式具体怎么写啊？
2.我看到视频中单样本及双样本t检验是对mALFF及 mfALFF进行分析，主要是看这两个结果吗？
3.在Viewer中P值选择0.005、0.01、0.05，这个依据什么选择呢？

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关于DPARSF basic版本中头动校正的问题

Submitted by demonpupil on Tue, 02/25/2014 - 15:01
老师们您们好，DPARSF basic版本 v1.0中头动校正生成的以rp开头的文件中一共有六列，前三列数字分别代表X,Y,Z轴的平动，后三列代表X，Y，Z轴的转动，请问1）前三列数字中的“负号”代表的是向患者右侧平动还是向患者左侧平动；2）后三列数字中的“负号”代表的是患者向其右方转动还是向患者左方转动；3）前三列的数字的单位是mm，后三列数字的单位是度，还是其他单位呢？4）如果我求其中一列数字的均值是否与您们开发的DPARSFA版本中的数字相同呢，因为我试了很多次都无法使用DPARSFA，而时间又比较紧张了所以只好用之前DPARSF basic版本做的数据进行统计
给您添麻烦了！谢谢！
 
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gca连接结果解释

Submitted by 李川0810 on Wed, 02/26/2014 - 10:09

 老师：
       您好！
       最近我在做gca连接，但是在结果理解上不知是不是有误，和前人研究有一些不一致，想向您请教一下。
       这是我的经过t检验的gca连接结果，是不是可以理解为：6对2，6对5，6对7,6对13产生了影响？方向是从6到这些地方？
       十分感谢您的解答！


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学术报告信息

Submitted by ZangYF on Fri, 02/28/2014 - 06:42
 
2014年2月28日下午2:30-5:00，百瑞运河大酒店三楼河北厅。
 
杭州师范大学认知与脑疾病研究中心邀请了纽约大学儿童研究中心的F Xavier Castellanos博士和USLA的王炯炯（Danny Jiongjiong Wang）博士。
 
王炯炯博士现任UCLA神经病学、放射学副教授。王炯炯师从ASL的发明人John Detre教授，在ASL的改进和定量分析方面做了大量工作。
题目：Characterizing resting and behavioral state using ASL and BOLD FMRI.   
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how to report fMRI result (v2.0) 如何汇报激活结果（2.0版）

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Sat, 03/01/2014 - 19:03

newly added:

How to report a very big cluster containing thousands voxels.

新增加内容：
如何利用SPM/REST/MRIcron汇报一个非常大的团块激活结果（包含了上千体素的情况）。

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2nd-level analysis

Submitted by bubucong on Mon, 03/03/2014 - 23:19

 各位老师：
       我刚开始接触SPM，请教一个问题：我在做个体水平分析的时候，设计矩阵使用了条件A和条件B两种条件，在点击result时设计了A-B的contrast，同时也做了B-A的contrast，现在做组水平分析时，选择了one-sample t test，发现最终的F检验的结果，两种条件下激活区域是相同的，请问这是怎么回事啊？问的可能比较低级，请见谅！

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