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[FAQ]RESTplus软件操作：ROI wise和Voxel wise功能连接区别

Submitted by jiaxize on Thu, 04/07/2016 - 20:33

RESTplus软件中的功能连接模块有两个选项：ROI wise和voxel wise。

voxel wise的功能连接（文章中有时也叫seed based），是指，我们指定一个ROI，将这个ROI内的信号做平均后得到一条平均时间序列。然后用这条时间序列，与全脑其他体素逐个做相关，这样就会得到一副脑图，脑图的每个voxel位置都有一个r值，意思是该voxel的时间序列，与种子点时间序列的相关大小（功能连接强度）。所以，voxel wise的功能连接选择后，得到的结果会有一张脑图，还会有一个txt文本文档，文本文档里会有一列数，这一列数，就是ROI内信号平均后得到的平均时间序列。

实际上，对于voxel wise的功能连接，在软件操作的时候，也可以选择多个ROI，比如，我们同时加入了4个ROI，ROI1、ROI2、ROI3、ROI4。这样就会得到4张脑图，分别是以ROI1、ROI2、ROI3、ROI4为种子点得到的功能连接图。

 

ROI wise的功能连接，如果使用这个功能，至少需要定义两个ROI，计算的是，ROI之间的功能连接强度（相关），结果存在一个文本文档里面，每一个数，都是每两个ROI内平均时间序列的相关大小。比如，我们定义4个ROI，最后得到的结果是一个4*4的矩阵。

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[FAQ]常见问题：什么是MASK？如何对数据使用MASK？

Submitted by jiaxize on Thu, 04/07/2016 - 21:08

在fMRI中，MASK也是一副脑图，如果用看图软件（如MRIcron，REST Viewer等）打开一副MASK，就会发现，这幅图上面的数值，只有0或者1。MASK脑图通常的作用是去掉我们不感兴趣的区域。我分一下几个步骤介绍。

（1）如何做MASK

得到MASK的方式有很多，比如我们做完统计检验，可以得到一张T图，卡完阈值后，我们可能只对某一个特定的cluster感兴趣，这样我们就可以做一个mask，这个mask只包括我们特定感兴趣的cluster。或者是，我们对某一个AAL脑区感兴趣，想把这个脑区做成MASK。

以上两种情况，在RESTplus的Viewer里面，都可以根据自己的抢矿，单独保存某一个指定的cluster（选中cluster后，点击save cluster按钮即可）。存下来会得到两个文件，有一个是binary的，即，脑图只包括0或1。

注：假如我们的cluster是从其他软件得到的，要自己把cluster文件做成只包含0或1的文件，使用RESTplus里面的image calculator,载入该cluster的文件，标号为i1,在公式的位置输入，i1./i1即可生成该脑图的binary文件。也就是说，我们用该脑图自己除以自己，有值的位置就会变成1，原来没有值的位置仍然是0.

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ADataDir 的数据格式

Submitted by yubing on Tue, 04/12/2016 - 22:51

各位专家，大家好

我在做fMRI图像后处理的时候，想自己做一个小程序，并在其中调用 REST一些成型的程序和函数

REST的很多函数和程序，对于文件的定义都使用了变量 ADataDir

ADataDir 具体的格式和要求（结构、定义、注意事项？）是怎样的？求详解，多谢！

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DPABI/DPARSFA预处理错误

Submitted by daixijian on Wed, 04/13/2016 - 19:09

严老师：

      您好！

      我用DPABI2.0对任务态数据进行预处理时（T1配准/DARTEL分割），出现以下错误（台式电脑32位系统），不知道为什么出错，但我在自己台式电脑（64位系统）是可以跑的。

麻烦您方便帮我看看，谢谢！

此外，请问SPM12与DPABI是否兼容？谢谢！

错误代码如下：

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如何利用工具将*.img/*.hdr和*.nii格式互换

Submitted by wujingxi on Mon, 05/02/2016 - 01:31

大神：

数据处理过程中有时候会涉及到*.img/*.hdr和*.nii格式互换的问题，有没有现成的工具能将两种格式进行转换？

比如：我们利用老版本的DPARSF进行了dicom到analyze格式数据的转换，做了reslice timing，现在想利用DPABI做从Realign以后的部分，但是DPABI要求输入的数据是NIFTI格式，也即是说我需要把*.img/*.hdr转成Nifti格式，如何操作？

P.S.:我用的比较熟悉的是基于MATLAB的软件包

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Question about DynamicBC

Submitted by Chen0075 on Thu, 05/05/2016 - 11:45

A new feature "clustering" was added into the new vertion of "DynamicBC" tool, but what's the processes (principle) in your "clustering". In addtion, by your tool, can I obtain the "dwell time" in each state that is regared as the number of windows belonging to the special state related cluster? and the "transition times (numbers) between states"? how can I display these results in the matlab. thanks!

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用rest Viewer看数据

Submitted by Lufengyan on Fri, 05/06/2016 - 15:10

各位老师好：

    有幸能在此请教各位老师，非常感谢。我是新手，我有两个问题。

1、一组任务态数据已经经过spm的one sample test处理，我是否可以用rest viewer看T图时？

2、如果可以，当参照alphasim表格时，我的平滑核是6，rmm选择5，P值和cluster size 有4种对应关系，那么我应该如何选取P值？

祝好！

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