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请问REST里面的Image Calculator可以计算一张图像的平均值吗？

Submitted by ClassicBear on Tue, 08/09/2016 - 11:20

① REST image calculator可以计算一组图像的平均图像（mean（g1）），请问怎么计算一张图像的平均值吗？

② REST可以将一张T图转换成Z-score图吗？（ i-mean(g1))/std（g1）这个计算的是i1相对于一组图的z-score图？如果我想把一个双样本t检验的T图转成Z图，请问怎么转？

谢谢老师！

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GRF校正的疑惑

Submitted by lionkiss on Tue, 08/09/2016 - 21:21

老师好，我投出去的ALFF的文章被拒了，一个reviewer说不太愿意接受alphasim的校正，如果要有，至少要clusters在100-200才可以接受。
我用FDR做了，没有结果。
但是用rest推荐的GRF的结果做出来的却非常不错，比alphasim的cluster大好多，每个cluster都在100以上了。
但是我有点疑问，是不是GRF的校正使用不太普遍？ 我看到网上的文章大多使用alphasim或者FDR和FWE，GRF似乎只有不多的几篇。

GRF是可以被普遍接受的校正方法么？

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关于用Rest做相关

Submitted by echoqiu77 on Thu, 08/18/2016 - 03:28

各位大侠， 请教一下，在用REST做相关分析时遇到的问题：

我首先计算了ROI在治疗前后分别和全脑的相关，然后我想用治疗前后做Paired—t test的结果的差值来和临床做相关，我本来打算把这个差值的脑区作成一个mask，用Rest算这个功能连接的变化和临床变化的相关，不知道这种方法对不对？如果用这个方法的话，Rest功能连接这个Add Group Images 的地方应该加入那组数据呢？

非常感谢！

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对ALFF和fALFF结果的疑问

Submitted by shallvin on Fri, 08/19/2016 - 20:57

严老师：

      您好！我在对PD和正常对照组做双样本t检验后，ALFF能够出现正负激活区，但是在fALFF却没有结果，还有就是在用DPABI做完标准化以后的结果要比没有标准化的结果产生的信号范围大很多（基本上覆盖全脑），我对此很困惑，请老师指导，谢谢！

      祝好

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关于两种状态下的行为指标与ALFF/ReHo的相关分析 & xjview报道脑区

Submitted by ClassicBear on Wed, 08/24/2016 - 11:21

老师好，

   我做了一组被试（15人）在两种状态下（静息态和刺激态）的fMRI扫描，用paired t test做出两种状态的ALFF/ReHo差异脑区，然后提取差异脑区的ALFF/ReHo值，另外还测出每个被试分别在两种状态下的一个量表指标值（不算量表指标，是一个较客观的测试指标）。请问：

    （1）如果我要做这个指标值与差异脑区的ALFF/ReHo的相关性分析，以下三种方法哪种比较恰当：①只作刺激态下的指标值与刺激态下的ALFF/ReHo的相关分析；②分别作两种状态的指标值与ALFF/ReHo的相关分析，再进行对比；③把静息态和刺激态的数据串行放在一起（当作30人），再作指标值与ALFF/ReHo的相关分析？

    （2）我尝试只用了刺激态的指标值与刺激态的ReHo做全脑的相关分析，对R图卡0.7的阈值，cluster size 大于100，得出了这样的结果（如下图），这个结果属于相关效果比较明显吗？

    （3）做量表指标值与ALFF/ReHo的相关分析,一般直接做与全脑的相关分析还是差异脑区内的相关分析？

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關於REST viewer的CI report 結果的報告

Submitted by joe26272001 on Fri, 09/02/2016 - 23:04

各位使用者大家好，

想請問若我使用rest來檢視我做完統計分析的結果，

設定p value和cluster size後按下CI report 會跑出許多clusters，

但是這些clusters很多都會涵蓋到重複的區域，

想請問一般paper在報告的時候，會報告顯著活化位置的voxels數及區域名稱，

想請問若我想報告一個位置(ex: Inferior frontal gyrus)，但多個clusters都有涵蓋到此處，是否直接以所涵蓋該區域之voxels數最多者來報告？

 

ex:

Cluster1 voxels:  1002

300 Inferior frontal gyrus

251 Superior frontal gyrus

Cluster2 voxels:  2405

452 Inferior frontal gyrus

100 Medial frontal gyrus

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请问计算ALFF/fALFF/ReHo/DC/VMHC前需要先去除协变量（头动参数、白质、脑脊液）吗？

Submitted by ClassicBear on Tue, 09/06/2016 - 10:20

老师您好，

      ① 请问计算(f)ALFF/fALFF/ReHo/DC/VMHC前，一般来说，需要先去除协变量（头动参数、白质、脑脊液）吗？DPARSF-basic版本计算(f)ALFF和ReHo好像没有去除的，DPARSF-advanced计算的时候就去除了，RestPlus好像也是先去除协变量再计算的。我对比了一下去除与不去除的结果，差距好像有点大，发现不去除协变量（头动参数、白质、脑脊液）的结果比较好，那计算(f)ALFF/ReHo/DC前不去除协变量可以吗？

      ② 请问RestPlus里面的PerAF（percent amplitude of fluctuation)具体计算的是什么？计算之前需要做smooth、detrend、filter等预处理吗？

期待老师的回复，谢谢！

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