ZangYF Group's CVs

DPARSFA Error Related to Number of Parallel Workers

Submitted by druzgal on Tue, 09/25/2012 - 01:57

Hi,

I have been testing some of the features on DPARSFA V2.2PRE. When running on data from either 1 or 2 subjects using the options from "Calculate in MNI Space: TRADITIONAL Order", everything processes smoothly with parallel workers set at 0. However, when I set the parallel workers to 6 (on an 8 core machine), I get the following error:

Forums: 
Resting-state fMRI topics

A problem of preprocessing using DPARSFA

Submitted by wleewell on Tue, 09/25/2012 - 18:36

望严老师帮忙分析下原因:
1、试用新版DPARSFA预处理数据时，发现以下报错，另外想把剔除协变量放在滤波前，输入FunImgARWS图像，同样出现类似的报错。
Generating voxel specific head motion for G:\analysis\RealignParameter\sub_001_NC\rp_a20111119_085529ep2dpacedyntmocosunyu3T-018-20s003a001_011.txt...???

Error using ==> class
Cannot change the number of fields of class 'file_array' without first typing 'clear classes'.

Forums: 
Resting-state fMRI topics

FC双样本T检验mask的问题

Submitted by yangshuo on Wed, 09/26/2012 - 09:29

严老师在http://www.restfmri.net/forum/node/764这个问题里提到FC的双样本T检验使用全脑mask，校正后再乘以两组1T的mask。根据这个我的作法是用全脑mask做双样本T检验，得到的T图用rest image caculate 乘以两组1T的mask，然后看结果用的全脑mask的校正，校前0.01，平滑核是6，alphasim校正用的是全脑mask的校正：clusters40，rmm5，p<0.05.
1、不知道这个做法对吗，校正有没有问题？
2、还有就是双样本T检验的灰质协变量怎么来的，是什么文件名？
3、去除智商协变量的话，那个txt文件怎么写，因为是两组人，好像视频上没有讲到。
4、如果根据双样本T检验的结果做与量表评分的相关，可以用双样本T检验的结果做mask做全脑相关吗？这样与提取功能连接值与量表评分相关有差别吗？

Forums: 
Resting-state fMRI topics

请教DMN及其负相关网络的区别

Submitted by taobao2010 on Wed, 09/26/2012 - 12:30

各位老师好：
我在贵实验室Wu, J.T., et al., Aging-related changes in the default mode network and its anti-correlated networks: A resting-state fMRI study. Neuroscience letters, 2011.的文章上看到采用小球法提出四个区域：PCC+、PCC-、vmPFC+、vmPFC-。将这四个区域取并集后构成的Mask，称之为默认网络及其负相关网络(default mode network and its anti-correlated networks)。根据这个说法，我想请问：
1. 单纯的默认网络DMN区域，是否仅为上述PCC+和vmPFC+的并集

Forums: 
Resting-state fMRI topics

restfmri.net service temporally shutdown for maintenance, last about 4 hours in the morning of 2012-10-2, Beijing time

Submitted by admin on Thu, 09/27/2012 - 20:10

For server movement, restfmri.net service would be temporally shutdown, which will last about 4 hours in the morning of 2012-10-2, Beijing time.

Forums: 
Other

vbm分析

Submitted by xyuan on Sun, 09/30/2012 - 22:19

学习vbm分析，使用了dparsfa的新分割与dartel的模板处理，非常方便，但是我想知道软件内部具体的操作流程与参数如何设置的？最后出来的结果应该是平滑过了，平滑核是多少？直接统计好像都是散点，我自己又平滑（8）一次；我自己又按vbm tutorial（john ashburner写的）的流程与参数跑了一遍，感觉出来结果不同，所以想知道贵软件vbm的流程参数设置如何，与vbm tutorial文中区别在哪里？还有贵软件做vbm过程中，dicom格式转换有问题，co前缀有时候缺失，软件就卡住了；我自己mricron转好，放入T1img，勾掉dicom转换，发现软件又不能跑下去；后来发现从NII文件开始，也要建立T1raw的文件夹，里面还得有相关文件夹（空的也行）；是否也可按功能数据一样，选从哪步开始。

Forums: 
Resting-state fMRI topics

請教關於REST Power spectrum分析上的問題

Submitted by kissjoy on Wed, 10/03/2012 - 12:54

老師您好，目前我於研究上正使用REST 1.3這套軟體
有看過網站上的操作手冊及教學影片，但是對於Power spectrum的相關分析方式還是不太了解。
1. 影片內容中一開始點選REST Power spectrum 後選取的影像該選哪一組影像呢？
是SPM做完前處理的影像，還是要用之後REST_detrend的影像？
因為發現不同的影像下去計算好像出來的結果會不一樣。

2. 計算出的Power spectrum圖表還有其他相關資訊嗎？
因為好像只有移動不同的Voxel點會出現不同的Power spectrum圖及時間序列。
有辦法將它量化成表格數據嗎？因為好像沒有看到其他相關的檔案輸出。

感謝指教。

Forums: 
Resting-state fMRI topics
more