ZangYF Group's CVs

Threshold in the viewer

Submitted by Dr. Nahla on Thu, 11/01/2012 - 09:39

Hi All,
I am a new user of this amazing REST toolbox. I have a question regarding the threshould on the viewer.
Why the range of the threshold is set differently for each subject? What does the P =1 under the threshold represents? And Technically, how can I save a cluster of activation e.g in the right hippocampus?

Thanks
Nahla

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Resting-state fMRI topics

发现了一个可能的与matlab2012a函数输出不一致的问题的问题

Submitted by liufeng on Sat, 11/03/2012 - 22:14

各位好：

我用matlab2012a跑数据，没到slicetiming，结果报错。
Error using fileparts
Too many output arguments.

Error in cfg_util>local_initapps (line 1144)
[p n e v] = fileparts(appcfgs{k});

Error in cfg_util (line 518)
local_initapps;

Error in cfg_util (line 401)
cfg_util('initcfg');

Error in spm_jobman (line 206)
cjob = cfg_util('initjob', mljob);

Error in DPARSF_run (line 326)
spm_jobman('run',jobs{1});

Error in DPARSF>pushbuttonRun_Callback (line 938)
[Error]=DPARSF_run(handles.Cfg);

Error in gui_mainfcn (line 96)
feval(varargin{:});

Error in DPARSF (line 40)
gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});

Error while evaluating uicontrol Callback
然后我查了下2012a的fileparts函数，发现只有三个输出[pathstr, name, ext] = fileparts(filename) ，但是我之前用的2009、2010、2011版本的matlab却会有四个输出，[pathstr, name, ext，versn] 。

希望我们的software多向上兼容下新的matlab版本。

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Resting-state fMRI topics

各位老师好，请问一个关于提取全脑时间序列的问题。

Submitted by Frances-J on Sun, 11/04/2012 - 17:23

我目前正在进行的课题需要分别提取全脑每个VOXEL的时间序列。我已使用dparsf完成原始数据的预处理，接下来应该怎么操作呢？
我在论坛中看到有人提到可以使用rest_to4d这个函数，
我在MATLAB中输入 rest_to4d(‘J:\Analysis\FunImg\sub1‘)
报错如下：
Read 3D EPI functional images: "J:\Analysis\FunImg\sub1"........................................??? Error using ==> rest_spm_slice_vol
File too small.

Error in ==> rest_spm_read_vols at 34
 Y(:,:,p,i) = rest_spm_slice_vol(V(i),rest_spm_matrix([0 0 p]),V(i).dim(1:2),0);

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Resting-state fMRI topics

关于Alphasim的问题

Submitted by limengsecret on Sun, 11/04/2012 - 20:35

老师：
      您好。我用VBM比较两组被试灰质差异，想用Alphasim进行校正。标准化后得到的图像voxel size为1*1*1。我有以下几个问题：

     1、在用REST Alphasim计算时，mask应该用全脑的还是用灰质的？

      2、如果选择灰质mask，是不是可以用spm/apriori中的灰质图，然后用rest中的image calculator，设定i1>0.2, 得到灰质mask后再重采样成1*1*1，这样制成的灰质mask是正确的吗？假如我做白质的分析，白质mask是不是可以直接对rest中提供的WhiteMask_09_61*73*61进行重采样？

      3、在REST Alphasim计算时，由于voxel size为1*1*1，那么rmm是不是可以选择2？

请老师指教，谢谢！

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DPARSFA error when stopping and restarting pipeline

Submitted by druzgal on Tue, 11/06/2012 - 02:27

DPARSFA has no problem processing a NIFTI dataset through the steps of Slice Timing and Realign. However, I get a reproducible error if I try to separate the steps in the pipeline. For example:

1) Processing the NIFTI dataset through Slice Timing alone works fine.

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严老师，辛苦了。请教您一个问题

Submitted by haohaoxuexi on Tue, 11/06/2012 - 20:16

 严老师，
您好！
我是首都医科大学宣武医院的研究生。我现在在做帕金森病认知障碍的脑功能连接的研究。用的是您的DPARSF来处理数据。
我的第一批数据按您的教程顺利做完了。但是第二批数据则老出错。我尝试了重新装软件等，但总是有这样那样的问题，但我都看不懂。
最多的错误如下：

Removing the linear trend: E:

Read 3D EPI functional images: "E:\Analysis\FunImgNormalizedSmoothed\PD27"..............................................

??? Error using ==> ctranspose

Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.

Error in ==> rest_detrend at 40

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