March 2016

Rest 的 Regress out 功能

REST工具包里面提供了非常好的  Regress out variable功能,可以在进一步处理前消除很多干扰因素

请教各位老师:这个工具包进行的是参数回归吧?可以直接用这个插件进行非参数回归吗?

如果需要用非参数回归的方式消除干扰变量,参考或者使用哪个软件为好?多谢!

请教关于灰质体积计算的问题

尊敬的老师您好:

        我论坛上看到有同学请教关于杏仁核体积计算的问题,看了您的解答有些细节的问题我还不是很清楚,在此向您进一步请教。

        我目前的情况是要分析一批受试者海马的volume,我是用VBM8做的结构像分析,想用ALL模板中的海马做MASK提取结构像的ROI信号作为海马体积,不知道这样的思路是否正确。

REST Alphasim P值

 
REST1.8界面上有个输入p值的地方,在这之前,我做了AlphaSim校正,
 
这个p是做alphasim校正时候填写的individual p value(比如p=0.01或者0.005) ?还是最后看组分析结果时候的p value (比如p<0.05)?

第二期ASL MRI培训班

第二期 ASL Perfusion MRI培训班

 

主办单位:

杭州智脑科技有限公司

 

培训时间:2016年6月3日-6日

[FAQ] 其它fMRI数据分析软件(如AFNI、MICA、GIFT)的结果是否可以用RESTplus继续分析

我们在MRI中拿到的原始数据是DICOM格式的,扫描机器品牌不同,扩展名可能不一样(如扩展名为IMA、DCM或没有扩展名),这些都属于DICOM格式。我们在使用相应的fMRI处理软件进行数据分析前,都会使用对应的工具首先进行格式转换,比如RESTplus默认会将数据转换为NIFTI格式(.nii扩展名)。不同软件的默认文件格式是不一样的,比如AFNI的默认格式有两个文件HEAD文件和BRIK文件。也就是说,假如你使用AFNI的命令来做数据处理,如果没有特殊设置,通常来讲得到的文件会是一对文件:HEAD和BRIK。做完的这个结果,如果想用RESTplus做进一步分析,先用对应命令(3dAFNItoNIFTI)做一个格式转换就可以了。NIFTI是一种通用格式,大多数软件都支持NIFTI格式。

ICA

现在有一批在GIFT(Group ICA fMRI Toolbox)上做ICA后得到的fmri数据。

问题: REST操作简洁,我可以用REST对这批数据做之后的统计分析吗?比如t-test等等??

谢谢!

ICA,One(two) sample t-test

我用GIFT(Group ICA fMRI Toolbox)对fMRI数据做了ICA。

问题:对于GIFT得到的结果,我可以用REST来做统计分析吗(比如t-test,多重比较等等)?

谢谢了!!

请问用rest怎样提取纹状体灰质体积,能通过predefine ROI from ALL template by selecting specific area 进行吗?

请问用rest怎样提取纹状体灰质体积,能通过predefine ROI from ALL template by selecting specific area 进行吗?还有用SPM算VBM得出的nii图像怎么用rest打开?总是提示要reslice,但是当用reslice功能时根本无法打开SPM得出的nii图像?请问这该怎么解决呢?

我的目的是把一组被试的纹状体体积提取出来,然后与其某个脑区的ALFF值做相关。谢谢老师!

restplus做图像翻转的问题

restplus在做图像翻转时会出现文件格式发生改变和文件大小翻倍的情况,比如单个的240kb的.img文件在用完flip后会变成480kb的.nii文件,而且在做组翻转时,比如240个.img文件,每个文件大小都是240kb,flip后,虽然文件格式没发生变化,但是每个.img都变成了480kb,这个问题该如何解决?

3D ASL数据分析问题

各位好

         我在Upenn神经成像中心的磁共振机器上扫完ASL之后生成的3DASL数据只有两个:一个mean*3D图像文件和一个mean*dat文件,跟restplus中3D ASL normalzie的help里提到的有cbf.nii和pfefmo.nii似乎不同, 在外人的帮助下,我们将这个mean图像转换生成了60个f*.nii文件和另外三个文件(M000.nii, M002.nii, meanperf.nii),似乎跟王泽老师的ASLtbx里差异比较大,如果用restplus分析,接下来该怎么做呢?谢谢!