坛主，
这批数据比较早，2005年GE机器，TR 1s, 16sl, 200TR.
使用Sorter时候报错：
??? Error using ==> mkdir
系统找不到指定的文件。
Error in ==> rest_DicomSorter at 38
mkdir(dirname);
亲爱滴们：
今天碰到这样一个问题，焦头烂额：
由于这批数据需要手动配准，所以我的处理流程如下：
1. 用dparsf批处理至realign。
2.用spm做coregister.
3.用AFNI转换格式后做Normalize
4.转换个格式后，将得到的EPI相文件放入FunImgNormalized文件夹。
然后启动dparsf，
先跳过Smooth做的ReHo，很顺利，detrend, filter, reho...没有任何问题。
然后继续用dparsf做alff以及falff，操作过程如下：
-matlab下输入dparsf
-依次去掉smooth前所有的勾
-选择工作目录
- 输入时间点190
- 选择自定义模板
近期碰到几个问题
拿出来大家看看：
做统计分析结果呈现的时候，因为是手动配准，用的AFNI tlrc坐标，最终结果在各种工具中呈现结果不同：
rest slice viewer效果最好，与模板匹配
同样的结果放到MRIcroN就不匹配（我用的模板和mask是同源的）
可能是MNI坐标与tlrc坐标不同的关系
在spm里面也一样 不匹配：
Hi all,
In the article "Detection of functional networks in the resting brain" there was a step before group analysis involving transforming the individual Reho data to normal distribution. Has this function been implemented in REST ? If yes, what specific method is being used?
Thanks,
Hua
最近在看一篇文章，有些数据分析方面的问题搞不清楚，如果有人处理过类似的数据，请不吝赐教。谢谢！
MR Image Acquisition
Images were acquired with a multislice, singleshot EPI sequence to achieve whole brain coverage: 40 axial slices, TR=5 seconds, TE =35 illiseconds,
3.5-mm slice thickness, in-plane resolution 1.8 mm by 1.8 mm at the Magnetic Resonance Imaging Facility, Salford Royal NHS Foundation Trust, Salford. A SENSE 8-channel head coil was used for radio frequency transmission and reception.
请问谁用时间簇分析法（TCA）处理过fMRI数据啊？
想知道这种方法需要使用什么样的软件，是怎样实现的。
谢谢大家!
Hi everybody,
I'm currently processing a series of rest fmri data which need to be manually normalized.
The procedure briefly goes like this:
-- dparsf completed the pre-normalization steps from 'dicom->nifti' to 'realign'
-- toggle spm, 'coregister: estimate',
-- switch AFNI，
'3dWarp -deoblique' and '3drefit -markers ' to generate sturctural .HEAD/BRIK pair
有个小问题，我一直想不明白，请大家帮忙。
在一幅fMRI图像中，BOLD信号具体数值是多少？怎么样才能看到这个数据？
举个例子，有篇文章得到了下面的统计图，我想知道BOLD信号的数值是怎么得到的，用SPM能实现吗？
有个小问题，我一直想不明白，请大家帮忙。
在一幅fMRI图像中，BOLD信号具体数值是多少？怎么样才能看到这个数据？
举个例子，有篇文章得到了下面的统计图，我想知道BOLD信号的数值是怎么得到的，用SPM能实现吗？
各位老师好，因为我是刚学，人也比较笨，所以问题很多，有些问题可能很傻，麻烦大家耐心指教啊，十分感谢！
1、因为我想做大脑的小世界性质分析，所以使用Dparsf得到了AAL90个区域的时间序列，但我想要的是90个区域的功能连接图和z-map，要怎么办？是不是要分别制作那90个ROI的mask？有没有简便的方法？
2、在制作AAL的一个ROI的mask的时候，Cluster Size是有什么用的，要怎么设置？我看了Course_Data_Process_of_Rest_fMRI_Part2_Chinese_100820这个视频但还是不明白，能否讲解一下？
3、后来我想反正我只是检验小世界性，只需要z值就行了，于是用corrcoef函数通过前面得到的AALTC求出90个区域的R值，再转换成z值，然后进行后面的计算，这种做法有没有什么不妥啊？
4、检验小世界性时，需要产生100个相应的随机网络和规则网络，是针对每个病人都要产生这100个随机网络么？我看文献上说按照马尔可夫链规则产生，那个规则具体是怎样的？就算这个规则能保证随机网络的平均度和边数与病人的网络相同，怎么能保证度分布还是相同的呢？老师那里有没有检验小世界性的做好的软件，是否是开放的？